Protein–RNA interactions for Protein: A0A539

TCRBV7S3A2, T-cell receptor beta variable 4-2 (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 114 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCRBV7S3A2A0A539 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
TCRBV7S3A2A0A539 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
TCRBV7S3A2A0A539 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
TCRBV7S3A2A0A539 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
TCRBV7S3A2A0A539 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
TCRBV7S3A2A0A539 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
TCRBV7S3A2A0A539 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
TCRBV7S3A2A0A539 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
TCRBV7S3A2A0A539 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
TCRBV7S3A2A0A539 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
TCRBV7S3A2A0A539 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
TCRBV7S3A2A0A539 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
TCRBV7S3A2A0A539 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
TCRBV7S3A2A0A539 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
TCRBV7S3A2A0A539 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
TCRBV7S3A2A0A539 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
TCRBV7S3A2A0A539 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
TCRBV7S3A2A0A539 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
TCRBV7S3A2A0A539 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
TCRBV7S3A2A0A539 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
TCRBV7S3A2A0A539 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
TCRBV7S3A2A0A539 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCRBV7S3A2A0A539 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCRBV7S3A2A0A539 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCRBV7S3A2A0A539 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
TCRBV7S3A2A0A539 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
TCRBV7S3A2A0A539 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
TCRBV7S3A2A0A539 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
TCRBV7S3A2A0A539 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
TCRBV7S3A2A0A539 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
TCRBV7S3A2A0A539 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
TCRBV7S3A2A0A539 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
TCRBV7S3A2A0A539 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
TCRBV7S3A2A0A539 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
TCRBV7S3A2A0A539 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
TCRBV7S3A2A0A539 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
TCRBV7S3A2A0A539 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC27.56■■■□□ 2
TCRBV7S3A2A0A539 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
TCRBV7S3A2A0A539 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
TCRBV7S3A2A0A539 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.53■■■□□ 2
TCRBV7S3A2A0A539 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TCRBV7S3A2A0A539 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
TCRBV7S3A2A0A539 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC27.52■■■□□ 2
TCRBV7S3A2A0A539 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.51■■■□□ 2
TCRBV7S3A2A0A539 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TCRBV7S3A2A0A539 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TCRBV7S3A2A0A539 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
TCRBV7S3A2A0A539 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
TCRBV7S3A2A0A539 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
TCRBV7S3A2A0A539 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
TCRBV7S3A2A0A539 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
TCRBV7S3A2A0A539 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
TCRBV7S3A2A0A539 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
TCRBV7S3A2A0A539 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
TCRBV7S3A2A0A539 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
TCRBV7S3A2A0A539 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
TCRBV7S3A2A0A539 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
TCRBV7S3A2A0A539 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
TCRBV7S3A2A0A539 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
TCRBV7S3A2A0A539 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
TCRBV7S3A2A0A539 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
TCRBV7S3A2A0A539 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
TCRBV7S3A2A0A539 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
TCRBV7S3A2A0A539 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TCRBV7S3A2A0A539 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TCRBV7S3A2A0A539 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TCRBV7S3A2A0A539 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
TCRBV7S3A2A0A539 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
TCRBV7S3A2A0A539 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TCRBV7S3A2A0A539 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TCRBV7S3A2A0A539 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TCRBV7S3A2A0A539 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TCRBV7S3A2A0A539 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TCRBV7S3A2A0A539 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TCRBV7S3A2A0A539 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
TCRBV7S3A2A0A539 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
TCRBV7S3A2A0A539 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
TCRBV7S3A2A0A539 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
TCRBV7S3A2A0A539 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
TCRBV7S3A2A0A539 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TCRBV7S3A2A0A539 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCRBV7S3A2A0A539 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCRBV7S3A2A0A539 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCRBV7S3A2A0A539 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
TCRBV7S3A2A0A539 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
TCRBV7S3A2A0A539 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
TCRBV7S3A2A0A539 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
TCRBV7S3A2A0A539 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
TCRBV7S3A2A0A539 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
TCRBV7S3A2A0A539 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
TCRBV7S3A2A0A539 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCRBV7S3A2A0A539 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCRBV7S3A2A0A539 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCRBV7S3A2A0A539 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCRBV7S3A2A0A539 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCRBV7S3A2A0A539 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
TCRBV7S3A2A0A539 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
TCRBV7S3A2A0A539 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCRBV7S3A2A0A539 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCRBV7S3A2A0A539 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms