Protein–RNA interactions for Protein: A0A0B4J263

TRAV39, T-cell receptor alpha variable 39 (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 110 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAV39A0A0B4J263 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRAV39A0A0B4J263 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRAV39A0A0B4J263 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRAV39A0A0B4J263 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRAV39A0A0B4J263 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRAV39A0A0B4J263 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRAV39A0A0B4J263 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRAV39A0A0B4J263 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
TRAV39A0A0B4J263 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRAV39A0A0B4J263 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
TRAV39A0A0B4J263 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRAV39A0A0B4J263 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRAV39A0A0B4J263 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRAV39A0A0B4J263 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRAV39A0A0B4J263 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRAV39A0A0B4J263 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TRAV39A0A0B4J263 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TRAV39A0A0B4J263 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRAV39A0A0B4J263 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRAV39A0A0B4J263 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRAV39A0A0B4J263 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRAV39A0A0B4J263 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRAV39A0A0B4J263 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRAV39A0A0B4J263 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRAV39A0A0B4J263 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TRAV39A0A0B4J263 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TRAV39A0A0B4J263 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TRAV39A0A0B4J263 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TRAV39A0A0B4J263 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
TRAV39A0A0B4J263 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRAV39A0A0B4J263 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRAV39A0A0B4J263 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRAV39A0A0B4J263 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRAV39A0A0B4J263 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRAV39A0A0B4J263 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRAV39A0A0B4J263 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRAV39A0A0B4J263 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRAV39A0A0B4J263 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRAV39A0A0B4J263 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRAV39A0A0B4J263 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRAV39A0A0B4J263 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRAV39A0A0B4J263 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRAV39A0A0B4J263 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRAV39A0A0B4J263 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRAV39A0A0B4J263 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRAV39A0A0B4J263 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRAV39A0A0B4J263 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRAV39A0A0B4J263 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRAV39A0A0B4J263 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRAV39A0A0B4J263 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRAV39A0A0B4J263 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRAV39A0A0B4J263 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRAV39A0A0B4J263 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRAV39A0A0B4J263 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRAV39A0A0B4J263 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRAV39A0A0B4J263 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRAV39A0A0B4J263 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRAV39A0A0B4J263 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRAV39A0A0B4J263 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
TRAV39A0A0B4J263 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRAV39A0A0B4J263 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRAV39A0A0B4J263 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRAV39A0A0B4J263 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRAV39A0A0B4J263 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRAV39A0A0B4J263 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRAV39A0A0B4J263 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRAV39A0A0B4J263 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRAV39A0A0B4J263 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRAV39A0A0B4J263 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
TRAV39A0A0B4J263 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRAV39A0A0B4J263 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRAV39A0A0B4J263 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRAV39A0A0B4J263 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRAV39A0A0B4J263 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRAV39A0A0B4J263 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRAV39A0A0B4J263 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRAV39A0A0B4J263 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRAV39A0A0B4J263 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRAV39A0A0B4J263 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRAV39A0A0B4J263 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRAV39A0A0B4J263 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
TRAV39A0A0B4J263 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRAV39A0A0B4J263 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRAV39A0A0B4J263 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRAV39A0A0B4J263 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRAV39A0A0B4J263 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRAV39A0A0B4J263 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
TRAV39A0A0B4J263 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRAV39A0A0B4J263 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
TRAV39A0A0B4J263 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
TRAV39A0A0B4J263 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRAV39A0A0B4J263 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRAV39A0A0B4J263 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRAV39A0A0B4J263 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRAV39A0A0B4J263 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRAV39A0A0B4J263 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRAV39A0A0B4J263 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRAV39A0A0B4J263 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRAV39A0A0B4J263 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRAV39A0A0B4J263 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.9 ms