Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 NECTIN3-207ENST00000485506 314 ntTSL 211.46□□□□□ -0.572e-8■■■■■ 30.6
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UPF1Q92900 ATXN7L3-201ENST00000389384 3811 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.64□□□□□ -0.718e-8■■■■■ 30.6
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UPF1Q92900 GET4-202ENST00000407192 4356 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.41□□□□□ -0.16e-9■■■■■ 30.6
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UPF1Q92900 SOAT1-201ENST00000367619 6835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.41□□□□□ -1.383e-9■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 OS9-218ENST00000551035 2246 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.249e-11■■■■■ 30.6
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UPF1Q92900 CPN2-202ENST00000429275 2008 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.225e-7■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.117e-9■■■■■ 30.6
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UPF1Q92900 RNF213-220ENST00000582970 21055 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC7.01□□□□□ -1.294e-11■■■■■ 30.6
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UPF1Q92900 AKT1-208ENST00000554581 3916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.07□□□□□ -0.485e-7■■■■■ 30.6
UPF1Q92900 AKT1-202ENST00000402615 3913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.545e-7■■■■■ 30.6
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UPF1Q92900 TINAGL1-204ENST00000463112 3075 ntTSL 217.07■□□□□ 0.321e-7■■■■■ 30.5
UPF1Q92900 CCDC85C-201ENST00000380243 16393 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.1□□□□□ -0.791e-7■■■■■ 30.5
UPF1Q92900 TMEM184A-210ENST00000468535 2843 ntTSL 216.75■□□□□ 0.276e-9■■■■■ 30.5
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UPF1Q92900 SNX30-203ENST00000604751 4068 ntTSL 210.23□□□□□ -0.772e-7■■■■■ 30.5
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UPF1Q92900 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.582e-8■■■■■ 30.5
UPF1Q92900 SLC39A13-204ENST00000524928 3553 ntTSL 2 BASIC11.8□□□□□ -0.522e-8■■■■■ 30.5
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UPF1Q92900 CCDC93-201ENST00000319432 6896 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC8.35□□□□□ -1.075e-7■■■■■ 30.4
UPF1Q92900 TGIF2-203ENST00000557885 659 ntTSL 218.35■□□□□ 0.534e-7■■■■■ 30.4
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UPF1Q92900 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.452e-6■■■■■ 30.4
UPF1Q92900 AC010327.5-201ENST00000586923 3061 ntBASIC13.89□□□□□ -0.193e-9■■■■■ 30.4
UPF1Q92900 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.278e-16■■■■■ 30.4
UPF1Q92900 FADS2-203ENST00000355484 2107 ntTSL 214.25□□□□□ -0.131e-8■■■■■ 30.4
UPF1Q92900 FBXW8-202ENST00000455858 4648 ntTSL 1 (best) BASIC12.6□□□□□ -0.391e-6■■■■■ 30.3
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UPF1Q92900 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.722e-11■■■■■ 30.3
UPF1Q92900 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.532e-11■■■■■ 30.3
UPF1Q92900 DLGAP4-205ENST00000401952 4881 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.392e-11■■■■■ 30.3
UPF1Q92900 SUPT6H-202ENST00000347486 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.39□□□□□ -0.916e-7■■■■■ 30.3
UPF1Q92900 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.941e-7■■■■■ 30.3
UPF1Q92900 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.351e-7■■■■■ 30.3
UPF1Q92900 NDEL1-217ENST00000583683 1802 ntTSL 222.64■■□□□ 1.211e-7■■■■■ 30.3
UPF1Q92900 NDEL1-204ENST00000578172 3927 nt13.39□□□□□ -0.271e-7■■■■■ 30.3
UPF1Q92900 NDEL1-211ENST00000581679 582 ntTSL 47.43□□□□□ -1.221e-7■■■■■ 30.3
UPF1Q92900 C7orf49-208ENST00000481410 976 ntTSL 220.62■□□□□ 0.898e-8■■■■■ 30.3
UPF1Q92900 DNAJB1-201ENST00000254322 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.413e-9■■■■■ 30.3
UPF1Q92900 PRKAR2A-202ENST00000296446 3318 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.096e-10■■■■■ 30.3
UPF1Q92900 ARHGAP39-202ENST00000377307 4673 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.137e-7■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 ARHGAP39-201ENST00000276826 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.017e-7■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 CMBL-205ENST00000510532 701 ntTSL 39.22□□□□□ -0.937e-7■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 PDPK1-201ENST00000268673 4728 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.093e-9■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 HSPA5-201ENST00000324460 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.73e-9■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 SLC43A2-202ENST00000412517 1658 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.74e-28■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 DBF4B-206ENST00000527862 1998 ntTSL 1 (best)13.66□□□□□ -0.222e-6■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 C19orf48-206ENST00000596554 727 ntTSL 319.66■□□□□ 0.748e-12■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 ACACA-237ENST00000616317 9961 ntTSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.431e-8■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 ACACA-245ENST00000619546 5315 ntTSL 1 (best)8.86□□□□□ -0.991e-8■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 ACACA-226ENST00000612895 9624 ntTSL 5 BASIC7.24□□□□□ -1.251e-8■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 ACACA-231ENST00000614428 9554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.49□□□□□ -1.371e-8■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 UGGT1-202ENST00000376723 6682 ntTSL 1 (best)15.46■□□□□ 0.079e-8■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 FRMD8-202ENST00000355991 3514 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.062e-7■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 FRMD8-201ENST00000317568 3723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.312e-7■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 CDR2L-201ENST00000337231 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -01e-6■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 HDAC11-207ENST00000405478 799 ntTSL 538.44■■■■□ 3.748e-9■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC37.17■■■■□ 3.548e-9■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 HDAC11-217ENST00000475818 1271 ntTSL 332.06■■■□□ 2.728e-9■■■■■ 30.2
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