Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
TRERF1Q96PN7 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRERF1Q96PN7 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms