Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 DMAP1-207ENST00000440641 909 ntTSL 313.31□□□□□ -0.285e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MKL1-212ENST00000618417 1842 ntTSL 5 BASIC13.3□□□□□ -0.285e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TGS1-201ENST00000260129 3782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.295e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TMEM208-207ENST00000563953 887 ntTSL 2 BASIC13.23□□□□□ -0.295e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-212ENST00000577888 617 ntTSL 213.21□□□□□ -0.294e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-239ENST00000585080 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.294e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 AC068580.4-203ENST00000636397 4038 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.315e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NDUFAF7-202ENST00000336237 1869 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.315e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RPUSD1-204ENST00000563560 587 ntTSL 213.09□□□□□ -0.315e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ECH1-216ENST00000601778 799 ntTSL 513.09□□□□□ -0.315e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ANKLE2-208ENST00000542282 3302 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.315e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ARMC6-215ENST00000540792 951 ntTSL 213.08□□□□□ -0.325e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RPS6KA1-220ENST00000531382 2359 ntTSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.325e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ADGRD1-203ENST00000376682 4135 ntTSL 213.07□□□□□ -0.325e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSB-231ENST00000534382 764 ntTSL 413.04□□□□□ -0.325e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 VPS16-202ENST00000380445 2750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.324e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SLC1A5-202ENST00000434726 1872 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.325e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 BUD31-205ENST00000456893 512 ntTSL 5 BASIC12.98□□□□□ -0.335e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 AP2A2-220ENST00000531497 3822 ntTSL 212.98□□□□□ -0.334e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NDUFAF7-205ENST00000431821 783 ntTSL 412.96□□□□□ -0.335e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TRAF7-204ENST00000567645 737 ntTSL 512.95□□□□□ -0.345e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NMRAL1-204ENST00000571448 805 ntTSL 212.94□□□□□ -0.345e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SNX1-211ENST00000560829 1869 ntTSL 5 BASIC12.93□□□□□ -0.345e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SAT1-201ENST00000379251 801 ntTSL 2 BASIC12.93□□□□□ -0.345e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SAT1-202ENST00000379253 909 ntTSL 2 BASIC12.93□□□□□ -0.345e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 GDPD5-212ENST00000531759 2633 ntTSL 512.92□□□□□ -0.345e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MAPK13-202ENST00000373759 1036 ntTSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.355e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SH3TC1-221ENST00000512100 755 ntTSL 312.88□□□□□ -0.355e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 F7-206ENST00000541084 2873 ntTSL 2 BASIC12.82□□□□□ -0.365e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 KDM6A-201ENST00000377967 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.365e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SNHG12-202ENST00000461832 675 ntTSL 212.81□□□□□ -0.364e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 DCAF15-205ENST00000591385 431 ntTSL 212.81□□□□□ -0.365e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 KATNB1-207ENST00000566726 728 ntTSL 312.77□□□□□ -0.375e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ZNF131-216ENST00000510026 2599 ntTSL 512.72□□□□□ -0.375e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 STIP1-204ENST00000536973 738 ntTSL 512.7□□□□□ -0.385e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MFN2-201ENST00000235329 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.385e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSB-208ENST00000525076 550 ntTSL 512.67□□□□□ -0.385e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NELFA-215ENST00000488452 560 ntTSL 412.63□□□□□ -0.395e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NELFA-207ENST00000431323 888 ntTSL 512.63□□□□□ -0.395e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSD-202ENST00000367196 907 ntTSL 512.6□□□□□ -0.395e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MAN2C1-217ENST00000563660 397 ntTSL 312.6□□□□□ -0.395e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ECH1-201ENST00000221418 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.56□□□□□ -0.45e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TMEM208-201ENST00000304800 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.52□□□□□ -0.415e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ARMC6-216ENST00000541725 560 ntTSL 512.48□□□□□ -0.415e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 F7-202ENST00000375581 3109 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.425e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C3-209ENST00000597442 469 ntTSL 312.39□□□□□ -0.435e-16■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PLEKHH1-205ENST00000558366 594 ntTSL 412.32□□□□□ -0.445e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ECH1-204ENST00000595470 560 ntTSL 212.32□□□□□ -0.445e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-237ENST00000585044 4327 ntTSL 212.3□□□□□ -0.444e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SMARCE1-205ENST00000431889 1569 ntTSL 2 BASIC12.26□□□□□ -0.455e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SMARCE1-209ENST00000478349 1090 ntTSL 512.25□□□□□ -0.455e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SMARCE1-216ENST00000580419 1228 ntTSL 1 (best) BASIC12.23□□□□□ -0.455e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SMARCE1-204ENST00000400122 1263 ntTSL 1 (best) BASIC12.23□□□□□ -0.455e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CSNK2B-207ENST00000475875 590 ntTSL 1 (best)12.23□□□□□ -0.455e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SMARCE1-213ENST00000578044 1184 ntTSL 1 (best) BASIC12.23□□□□□ -0.455e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SZT2-209ENST00000562955 13968 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.21□□□□□ -0.455e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSB-230ENST00000534149 524 ntTSL 412.21□□□□□ -0.455e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSD-208ENST00000636843 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.21□□□□□ -0.465e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 DCTN2-215ENST00000550201 1527 ntTSL 512.2□□□□□ -0.465e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ZNF131-218ENST00000511736 956 ntTSL 1 (best)12.16□□□□□ -0.465e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NELFA-206ENST00000421397 574 ntTSL 512.15□□□□□ -0.465e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TMEM208-203ENST00000562235 775 ntTSL 212.14□□□□□ -0.475e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NR2C2AP-206ENST00000539693 970 ntTSL 512.11□□□□□ -0.475e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SMARCE1-202ENST00000348513 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.485e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 DCTN2-201ENST00000434715 1677 ntTSL 5 BASIC12.03□□□□□ -0.485e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SZT2-214ENST00000638769 307 ntTSL 311.98□□□□□ -0.495e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ORC1-201ENST00000371566 3080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.97□□□□□ -0.495e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SULT1A1-201ENST00000314752 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.495e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PEX16-211ENST00000533151 563 ntTSL 311.96□□□□□ -0.495e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C19orf54-206ENST00000596940 492 ntTSL 311.95□□□□□ -0.55e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RPL38-203ENST00000528433 169 ntTSL 511.95□□□□□ -0.55e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 HIPK2-203ENST00000428878 3969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.55e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSB-221ENST00000531502 557 ntTSL 411.87□□□□□ -0.515e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 AGPAT3-215ENST00000484865 588 ntTSL 211.85□□□□□ -0.515e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 BAIAP2-222ENST00000575841 509 ntTSL 211.84□□□□□ -0.515e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MED15-213ENST00000438962 573 ntTSL 411.84□□□□□ -0.515e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 HOOK2-206ENST00000586719 729 ntTSL 511.81□□□□□ -0.525e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SULT1A1-209ENST00000567512 615 ntTSL 311.78□□□□□ -0.525e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RPS6KA1-219ENST00000531113 2089 ntTSL 211.78□□□□□ -0.525e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RPS6KA1-202ENST00000374163 3202 ntTSL 211.69□□□□□ -0.545e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TMEM208-210ENST00000565201 832 ntTSL 2 BASIC11.67□□□□□ -0.545e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CTSB-209ENST00000525315 586 ntTSL 211.66□□□□□ -0.545e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SULT1A1-211ENST00000569554 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.545e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ADGRD1-213ENST00000543617 1182 ntTSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.555e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NR2C2AP-202ENST00000420605 859 ntTSL 2 BASIC11.62□□□□□ -0.555e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NR2C2AP-201ENST00000331552 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.555e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SULT1A1-203ENST00000395607 1386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.55□□□□□ -0.565e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PTPRF-208ENST00000437607 788 ntTSL 1 (best)11.55□□□□□ -0.565e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 DCAF15-203ENST00000587307 711 ntTSL 211.53□□□□□ -0.565e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-216ENST00000578919 841 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.48□□□□□ -0.574e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 USP40-205ENST00000430158 1047 ntTSL 311.47□□□□□ -0.575e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 NDUFAF7-211ENST00000474154 2974 ntTSL 211.45□□□□□ -0.585e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 DMAP1-214ENST00000488433 4552 ntTSL 1 (best)11.44□□□□□ -0.585e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RPS6KA1-216ENST00000530003 3023 ntTSL 5 BASIC11.43□□□□□ -0.585e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SMARCC2-209ENST00000550164 4114 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.41□□□□□ -0.584e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 C17orf62-206ENST00000577436 1079 ntTSL 3 BASIC11.4□□□□□ -0.584e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ATF6B-216ENST00000494022 320 ntTSL 211.4□□□□□ -0.585e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 BUD31-208ENST00000473447 480 ntTSL 211.36□□□□□ -0.595e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ECH1-210ENST00000598316 553 ntTSL 211.26□□□□□ -0.615e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CNOT3-205ENST00000457463 1269 ntTSL 311.24□□□□□ -0.615e-6■■■■■ 39.5
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