Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 PTCHD4-201ENST00000339488 2850 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.29□□□□□ -0.921e-6■■■■■ 32.5
UPF1Q92900 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.31e-17■■■■■ 32.5
UPF1Q92900 C8orf82-205ENST00000534680 1637 ntTSL 530.18■■■□□ 2.428e-7■■■■■ 32.5
UPF1Q92900 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.478e-7■■■■■ 32.5
UPF1Q92900 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.328e-7■■■■■ 32.5
UPF1Q92900 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.451e-17■■■■■ 32.5
UPF1Q92900 ATG13-218ENST00000531933 583 ntTSL 313.41□□□□□ -0.261e-13■■■■■ 32.5
UPF1Q92900 ARHGAP1-201ENST00000311956 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.57□□□□□ -0.889e-8■■■■■ 32.4
UPF1Q92900 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.317e-8■■■■■ 32.4
UPF1Q92900 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.484e-7■■■■■ 32.4
UPF1Q92900 C1orf198-203ENST00000470540 3819 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.22□□□□□ -0.294e-7■■■■■ 32.4
UPF1Q92900 C1orf198-202ENST00000427697 3666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC9.95□□□□□ -0.824e-7■■■■■ 32.4
UPF1Q92900 RAB35-206ENST00000544304 2449 ntTSL 220.99■□□□□ 0.954e-9■■■■■ 32.4
UPF1Q92900 NAV1-203ENST00000367302 9685 ntTSL 5 BASIC11.7□□□□□ -0.542e-6■■■■■ 32.4
UPF1Q92900 NAV1-202ENST00000367296 13091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.99□□□□□ -0.812e-6■■■■■ 32.4
UPF1Q92900 C19orf25-209ENST00000590621 885 ntTSL 319.8■□□□□ 0.766e-7■■■■■ 32.4
UPF1Q92900 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.511e-10■■■■■ 32.4
UPF1Q92900 CTIF-201ENST00000256413 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.042e-6■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 GPRC5C-206ENST00000482723 2317 ntTSL 217.59■□□□□ 0.418e-8■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 NOP14-205ENST00000507120 703 ntTSL 322.2■■□□□ 1.148e-8■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.828e-8■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.518e-8■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.478e-8■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 NOP14-203ENST00000416614 3538 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.128e-8■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 IFNAR1-201ENST00000270139 6139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.049e-8■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 CYB5B-204ENST00000515314 1658 ntTSL 5 BASIC14.09□□□□□ -0.154e-11■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 CYB5B-202ENST00000512062 4358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.59□□□□□ -0.874e-11■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 CYB5B-201ENST00000307892 4286 ntTSL 1 (best) BASIC8.07□□□□□ -1.124e-11■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 BTBD2-207ENST00000589685 2422 ntTSL 1 (best)19.59■□□□□ 0.731e-8■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 BTBD2-210ENST00000592895 2763 ntTSL 218.66■□□□□ 0.581e-8■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.99■■■□□ 2.872e-8■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.552e-8■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 ABHD12-205ENST00000465694 474 ntTSL 210.8□□□□□ -0.682e-8■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 KATNAL1-201ENST00000380615 7551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.29□□□□□ -1.721e-6■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 DNAJB12-201ENST00000338820 4360 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.111e-6■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 DNAJB12-202ENST00000394903 3198 ntTSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.271e-6■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 DNAJB12-203ENST00000444643 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.37□□□□□ -0.591e-6■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 AC016747.1-201ENST00000420918 2532 ntTSL 1 (best) BASIC9.85□□□□□ -0.832e-6■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 TXNIP-204ENST00000582401 2926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.4□□□□□ -1.066e-72■■■■■ 32.3
UPF1Q92900 LRIG2-201ENST00000361127 11555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.09□□□□□ -1.111e-7■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 LRIG2-205ENST00000492207 5076 ntTSL 56.99□□□□□ -1.291e-7■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 HECTD3-205ENST00000486132 2385 ntTSL 1 (best)13.63□□□□□ -0.232e-8■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 HECTD3-202ENST00000372172 3610 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.242e-8■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 HECTD3-201ENST00000372168 2530 ntTSL 2 BASIC10.99□□□□□ -0.652e-8■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.455e-11■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 POLR2E-203ENST00000586215 756 ntTSL 221.69■■□□□ 1.065e-11■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 MTHFR-202ENST00000376583 7044 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.31□□□□□ -0.443e-13■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 MTHFR-205ENST00000376592 8378 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.02□□□□□ -0.493e-13■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 MTHFR-203ENST00000376585 8094 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.25□□□□□ -0.613e-13■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 HM13-221ENST00000493364 372 ntTSL 214.38□□□□□ -0.118e-15■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC32.53■■■□□ 2.81e-9■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.992e-8■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 KEAP1-210ENST00000592478 1044 ntTSL 1 (best)20.81■□□□□ 0.922e-8■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.122e-8■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 SMG9-210ENST00000600097 538 ntTSL 225.91■■□□□ 1.743e-10■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 SMG9-201ENST00000270066 5510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.272e-9■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 KDM2A-210ENST00000529006 6967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.07□□□□□ -0.485e-9■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.571e-7■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 MFN2-203ENST00000444836 4531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.042e-12■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 MFN2-201ENST00000235329 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.312e-12■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.272e-6■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 22e-6■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.732e-6■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 SLC25A39-215ENST00000592372 867 ntTSL 323.63■■□□□ 1.372e-6■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 SLC25A39-207ENST00000586016 1156 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.322e-6■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 SLC25A39-213ENST00000591006 2217 ntTSL 214.9□□□□□ -0.022e-6■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.768e-7■■■■■ 32.2
UPF1Q92900 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.922e-9■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.782e-9■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.662e-9■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 PGPEP1-207ENST00000597663 363 ntTSL 321.67■■□□□ 1.063e-9■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.22■□□□□ 0.993e-8■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.883e-8■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.17■□□□□ 0.663e-8■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.663e-8■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.653e-8■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 PGPEP1-204ENST00000595552 418 ntTSL 216.39■□□□□ 0.213e-9■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 PGPEP1-202ENST00000269919 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.07□□□□□ -0.643e-9■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC32.14■■■□□ 2.743e-10■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.093e-10■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.883e-10■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.873e-10■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 TMEM181-201ENST00000367090 5390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.036e-11■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 HGSNAT-207ENST00000521576 2332 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.323e-6■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 HGSNAT-201ENST00000379644 5236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.76□□□□□ -0.533e-6■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 U52111.1-202ENST00000416854 244 ntTSL 527.63■■■□□ 2.019e-8■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.171e-6■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 SIN3B-202ENST00000379803 5129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.141e-6■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 HGH1-205ENST00000533266 2106 ntTSL 224.77■■□□□ 1.561e-7■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 HGH1-206ENST00000534255 1791 ntTSL 1 (best)22.33■■□□□ 1.171e-7■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.981e-7■■■■■ 32.1
UPF1Q92900 ELOVL1-201ENST00000372458 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.632e-8■■■■■ 32
UPF1Q92900 ELOVL1-202ENST00000413844 1451 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.282e-8■■■■■ 32
UPF1Q92900 ELOVL1-216ENST00000621943 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.122e-8■■■■■ 32
UPF1Q92900 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.379e-13■■■■■ 32
UPF1Q92900 HS2ST1-201ENST00000370550 6736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.011e-7■■■■■ 32
UPF1Q92900 AC093155.3-201ENST00000370548 2013 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.57□□□□□ -1.041e-7■■■■■ 32
UPF1Q92900 SMYD5-207ENST00000486518 566 ntTSL 218.48■□□□□ 0.551e-8■■■■■ 32
UPF1Q92900 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.54e-37■■■■■ 32
UPF1Q92900 C7orf50-204ENST00000412051 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 232.78■■■□□ 2.842e-10■■■■■ 32
Retrieved 100 of 15,879 protein–RNA pairs in 97.5 ms