Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y261

FOXA2, Hepatocyte nuclear factor 3-beta, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 457 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
FOXA2Q9Y261 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
FOXA2Q9Y261 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
FOXA2Q9Y261 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
FOXA2Q9Y261 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
FOXA2Q9Y261 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
FOXA2Q9Y261 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
FOXA2Q9Y261 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
FOXA2Q9Y261 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
FOXA2Q9Y261 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
FOXA2Q9Y261 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
FOXA2Q9Y261 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
FOXA2Q9Y261 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
FOXA2Q9Y261 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
FOXA2Q9Y261 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
FOXA2Q9Y261 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
FOXA2Q9Y261 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
FOXA2Q9Y261 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
FOXA2Q9Y261 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
FOXA2Q9Y261 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
FOXA2Q9Y261 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
FOXA2Q9Y261 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
FOXA2Q9Y261 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
FOXA2Q9Y261 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
FOXA2Q9Y261 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
FOXA2Q9Y261 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
FOXA2Q9Y261 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
FOXA2Q9Y261 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
FOXA2Q9Y261 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
FOXA2Q9Y261 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
FOXA2Q9Y261 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
FOXA2Q9Y261 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
FOXA2Q9Y261 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
FOXA2Q9Y261 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
FOXA2Q9Y261 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
FOXA2Q9Y261 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
FOXA2Q9Y261 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
FOXA2Q9Y261 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
FOXA2Q9Y261 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
FOXA2Q9Y261 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
FOXA2Q9Y261 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
FOXA2Q9Y261 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
FOXA2Q9Y261 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
FOXA2Q9Y261 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
FOXA2Q9Y261 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
FOXA2Q9Y261 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
FOXA2Q9Y261 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
FOXA2Q9Y261 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
FOXA2Q9Y261 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
FOXA2Q9Y261 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
FOXA2Q9Y261 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
FOXA2Q9Y261 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
FOXA2Q9Y261 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
FOXA2Q9Y261 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
FOXA2Q9Y261 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
FOXA2Q9Y261 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
FOXA2Q9Y261 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXA2Q9Y261 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
FOXA2Q9Y261 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
FOXA2Q9Y261 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
FOXA2Q9Y261 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
FOXA2Q9Y261 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
FOXA2Q9Y261 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
FOXA2Q9Y261 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXA2Q9Y261 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXA2Q9Y261 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
FOXA2Q9Y261 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
FOXA2Q9Y261 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
FOXA2Q9Y261 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
FOXA2Q9Y261 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
FOXA2Q9Y261 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
FOXA2Q9Y261 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
FOXA2Q9Y261 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
FOXA2Q9Y261 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
FOXA2Q9Y261 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
FOXA2Q9Y261 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
FOXA2Q9Y261 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
FOXA2Q9Y261 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
FOXA2Q9Y261 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
FOXA2Q9Y261 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
FOXA2Q9Y261 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
FOXA2Q9Y261 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
FOXA2Q9Y261 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
FOXA2Q9Y261 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
FOXA2Q9Y261 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
FOXA2Q9Y261 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
FOXA2Q9Y261 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
FOXA2Q9Y261 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
FOXA2Q9Y261 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
FOXA2Q9Y261 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
FOXA2Q9Y261 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
FOXA2Q9Y261 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
FOXA2Q9Y261 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
FOXA2Q9Y261 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
FOXA2Q9Y261 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
FOXA2Q9Y261 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
FOXA2Q9Y261 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
FOXA2Q9Y261 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
FOXA2Q9Y261 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
FOXA2Q9Y261 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
FOXA2Q9Y261 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.9 ms