Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
VPS28Q9UK41 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
VPS28Q9UK41 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
VPS28Q9UK41 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
VPS28Q9UK41 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
VPS28Q9UK41 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
VPS28Q9UK41 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
VPS28Q9UK41 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
VPS28Q9UK41 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
VPS28Q9UK41 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC28.49■■■□□ 2.15
VPS28Q9UK41 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
VPS28Q9UK41 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
VPS28Q9UK41 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
VPS28Q9UK41 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
VPS28Q9UK41 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
VPS28Q9UK41 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
VPS28Q9UK41 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
VPS28Q9UK41 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
VPS28Q9UK41 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
VPS28Q9UK41 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
VPS28Q9UK41 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
VPS28Q9UK41 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
VPS28Q9UK41 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
VPS28Q9UK41 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
VPS28Q9UK41 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
VPS28Q9UK41 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
VPS28Q9UK41 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
VPS28Q9UK41 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
VPS28Q9UK41 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
VPS28Q9UK41 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC28.36■■■□□ 2.13
VPS28Q9UK41 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
VPS28Q9UK41 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VPS28Q9UK41 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
VPS28Q9UK41 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
VPS28Q9UK41 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
VPS28Q9UK41 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
VPS28Q9UK41 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
VPS28Q9UK41 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
VPS28Q9UK41 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
VPS28Q9UK41 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
VPS28Q9UK41 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
VPS28Q9UK41 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
VPS28Q9UK41 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
VPS28Q9UK41 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
VPS28Q9UK41 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
VPS28Q9UK41 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
VPS28Q9UK41 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
VPS28Q9UK41 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
VPS28Q9UK41 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
VPS28Q9UK41 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS28Q9UK41 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS28Q9UK41 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS28Q9UK41 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
VPS28Q9UK41 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.11
VPS28Q9UK41 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
VPS28Q9UK41 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
VPS28Q9UK41 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
VPS28Q9UK41 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
VPS28Q9UK41 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
VPS28Q9UK41 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
VPS28Q9UK41 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
VPS28Q9UK41 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
VPS28Q9UK41 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
VPS28Q9UK41 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
VPS28Q9UK41 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
VPS28Q9UK41 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
VPS28Q9UK41 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
VPS28Q9UK41 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
VPS28Q9UK41 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
VPS28Q9UK41 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
VPS28Q9UK41 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
VPS28Q9UK41 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
VPS28Q9UK41 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
VPS28Q9UK41 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
VPS28Q9UK41 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
VPS28Q9UK41 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
VPS28Q9UK41 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
VPS28Q9UK41 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
VPS28Q9UK41 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
VPS28Q9UK41 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
VPS28Q9UK41 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
VPS28Q9UK41 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
VPS28Q9UK41 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
VPS28Q9UK41 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
VPS28Q9UK41 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
VPS28Q9UK41 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
VPS28Q9UK41 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
VPS28Q9UK41 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
VPS28Q9UK41 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
VPS28Q9UK41 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
VPS28Q9UK41 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
VPS28Q9UK41 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
VPS28Q9UK41 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
VPS28Q9UK41 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
VPS28Q9UK41 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
VPS28Q9UK41 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
VPS28Q9UK41 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
VPS28Q9UK41 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
VPS28Q9UK41 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
VPS28Q9UK41 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms