Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPC8

SIX2, Homeobox protein SIX2, humanhuman

Predictions only

Length 291 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SIX2Q9NPC8 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
SIX2Q9NPC8 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
SIX2Q9NPC8 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SIX2Q9NPC8 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC30.09■■■□□ 2.41
SIX2Q9NPC8 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SIX2Q9NPC8 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
SIX2Q9NPC8 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC30.07■■■□□ 2.4
SIX2Q9NPC8 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SIX2Q9NPC8 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SIX2Q9NPC8 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC30.06■■■□□ 2.4
SIX2Q9NPC8 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC30.05■■■□□ 2.4
SIX2Q9NPC8 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
SIX2Q9NPC8 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
SIX2Q9NPC8 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
SIX2Q9NPC8 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.04■■■□□ 2.4
SIX2Q9NPC8 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
SIX2Q9NPC8 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
SIX2Q9NPC8 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.39
SIX2Q9NPC8 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC30.01■■■□□ 2.39
SIX2Q9NPC8 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
SIX2Q9NPC8 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
SIX2Q9NPC8 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
SIX2Q9NPC8 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
SIX2Q9NPC8 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC29.98■■■□□ 2.39
SIX2Q9NPC8 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
SIX2Q9NPC8 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
SIX2Q9NPC8 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
SIX2Q9NPC8 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SIX2Q9NPC8 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SIX2Q9NPC8 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SIX2Q9NPC8 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
SIX2Q9NPC8 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.38
SIX2Q9NPC8 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
SIX2Q9NPC8 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
SIX2Q9NPC8 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
SIX2Q9NPC8 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
SIX2Q9NPC8 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
SIX2Q9NPC8 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC29.9■■■□□ 2.38
SIX2Q9NPC8 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
SIX2Q9NPC8 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
SIX2Q9NPC8 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC29.87■■■□□ 2.37
SIX2Q9NPC8 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
SIX2Q9NPC8 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
SIX2Q9NPC8 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
SIX2Q9NPC8 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
SIX2Q9NPC8 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
SIX2Q9NPC8 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
SIX2Q9NPC8 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
SIX2Q9NPC8 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
SIX2Q9NPC8 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
SIX2Q9NPC8 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
SIX2Q9NPC8 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
SIX2Q9NPC8 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
SIX2Q9NPC8 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
SIX2Q9NPC8 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
SIX2Q9NPC8 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
SIX2Q9NPC8 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
SIX2Q9NPC8 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
SIX2Q9NPC8 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
SIX2Q9NPC8 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
SIX2Q9NPC8 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
SIX2Q9NPC8 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
SIX2Q9NPC8 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
SIX2Q9NPC8 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
SIX2Q9NPC8 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
SIX2Q9NPC8 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
SIX2Q9NPC8 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
SIX2Q9NPC8 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
SIX2Q9NPC8 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC29.65■■■□□ 2.34
SIX2Q9NPC8 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
SIX2Q9NPC8 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC29.62■■■□□ 2.33
SIX2Q9NPC8 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
SIX2Q9NPC8 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
SIX2Q9NPC8 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
SIX2Q9NPC8 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
SIX2Q9NPC8 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
SIX2Q9NPC8 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SIX2Q9NPC8 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
SIX2Q9NPC8 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
SIX2Q9NPC8 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
SIX2Q9NPC8 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
SIX2Q9NPC8 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
SIX2Q9NPC8 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
SIX2Q9NPC8 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
SIX2Q9NPC8 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC29.55■■■□□ 2.32
SIX2Q9NPC8 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SIX2Q9NPC8 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC29.54■■■□□ 2.32
SIX2Q9NPC8 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
SIX2Q9NPC8 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC29.53■■■□□ 2.32
SIX2Q9NPC8 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
SIX2Q9NPC8 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
SIX2Q9NPC8 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
SIX2Q9NPC8 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
SIX2Q9NPC8 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
SIX2Q9NPC8 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
SIX2Q9NPC8 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SIX2Q9NPC8 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SIX2Q9NPC8 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SIX2Q9NPC8 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
SIX2Q9NPC8 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.2 ms