Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC3Q9BQI4 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC3Q9BQI4 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC3Q9BQI4 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC3Q9BQI4 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC3Q9BQI4 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC3Q9BQI4 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC3Q9BQI4 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC3Q9BQI4 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC3Q9BQI4 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC27.2■■□□□ 1.95
CCDC3Q9BQI4 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC3Q9BQI4 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC3Q9BQI4 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC3Q9BQI4 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC3Q9BQI4 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC3Q9BQI4 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC3Q9BQI4 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC3Q9BQI4 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC3Q9BQI4 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC3Q9BQI4 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC3Q9BQI4 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC3Q9BQI4 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC3Q9BQI4 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC3Q9BQI4 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC3Q9BQI4 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC3Q9BQI4 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC3Q9BQI4 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC3Q9BQI4 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC3Q9BQI4 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC3Q9BQI4 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC3Q9BQI4 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC3Q9BQI4 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC3Q9BQI4 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC3Q9BQI4 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC3Q9BQI4 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC3Q9BQI4 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC3Q9BQI4 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC3Q9BQI4 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC3Q9BQI4 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC3Q9BQI4 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC3Q9BQI4 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC3Q9BQI4 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC3Q9BQI4 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC3Q9BQI4 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC3Q9BQI4 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC3Q9BQI4 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC3Q9BQI4 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC3Q9BQI4 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC3Q9BQI4 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC3Q9BQI4 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
CCDC3Q9BQI4 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC3Q9BQI4 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC3Q9BQI4 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC3Q9BQI4 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC3Q9BQI4 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC3Q9BQI4 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC3Q9BQI4 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC3Q9BQI4 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC3Q9BQI4 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC3Q9BQI4 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC3Q9BQI4 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC3Q9BQI4 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC3Q9BQI4 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC3Q9BQI4 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC3Q9BQI4 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC3Q9BQI4 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC3Q9BQI4 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC3Q9BQI4 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC3Q9BQI4 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC3Q9BQI4 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC3Q9BQI4 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC3Q9BQI4 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC3Q9BQI4 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC3Q9BQI4 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC3Q9BQI4 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC3Q9BQI4 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC3Q9BQI4 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC3Q9BQI4 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC3Q9BQI4 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC3Q9BQI4 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC3Q9BQI4 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC3Q9BQI4 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC3Q9BQI4 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC3Q9BQI4 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC3Q9BQI4 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC3Q9BQI4 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC3Q9BQI4 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC3Q9BQI4 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC3Q9BQI4 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC3Q9BQI4 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC3Q9BQI4 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC3Q9BQI4 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC3Q9BQI4 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC26.64■■□□□ 1.85
CCDC3Q9BQI4 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC3Q9BQI4 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC3Q9BQI4 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC3Q9BQI4 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC3Q9BQI4 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC3Q9BQI4 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC3Q9BQI4 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 100.3 ms