Protein–RNA interactions for Protein: Q96PV0

SYNGAP1, Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP, humanhuman

Predictions only

Length 1,343 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNGAP1Q96PV0 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
SYNGAP1Q96PV0 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC32.02■■■□□ 2.72
SYNGAP1Q96PV0 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
SYNGAP1Q96PV0 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC32■■■□□ 2.71
SYNGAP1Q96PV0 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
SYNGAP1Q96PV0 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
SYNGAP1Q96PV0 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
SYNGAP1Q96PV0 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
SYNGAP1Q96PV0 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC31.98■■■□□ 2.71
SYNGAP1Q96PV0 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
SYNGAP1Q96PV0 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC31.96■■■□□ 2.71
SYNGAP1Q96PV0 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC31.95■■■□□ 2.71
SYNGAP1Q96PV0 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
SYNGAP1Q96PV0 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC31.93■■■□□ 2.7
SYNGAP1Q96PV0 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
SYNGAP1Q96PV0 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.9■■■□□ 2.7
SYNGAP1Q96PV0 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC31.87■■■□□ 2.69
SYNGAP1Q96PV0 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC31.84■■■□□ 2.69
SYNGAP1Q96PV0 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC31.84■■■□□ 2.69
SYNGAP1Q96PV0 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.81■■■□□ 2.68
SYNGAP1Q96PV0 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC31.81■■■□□ 2.68
SYNGAP1Q96PV0 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC31.79■■■□□ 2.68
SYNGAP1Q96PV0 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
SYNGAP1Q96PV0 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC31.77■■■□□ 2.68
SYNGAP1Q96PV0 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.68
SYNGAP1Q96PV0 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.68
SYNGAP1Q96PV0 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.68
SYNGAP1Q96PV0 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC31.76■■■□□ 2.68
SYNGAP1Q96PV0 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC31.75■■■□□ 2.67
SYNGAP1Q96PV0 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
SYNGAP1Q96PV0 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC31.73■■■□□ 2.67
SYNGAP1Q96PV0 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
SYNGAP1Q96PV0 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC31.72■■■□□ 2.67
SYNGAP1Q96PV0 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.72■■■□□ 2.67
SYNGAP1Q96PV0 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
SYNGAP1Q96PV0 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC31.7■■■□□ 2.66
SYNGAP1Q96PV0 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC31.69■■■□□ 2.66
SYNGAP1Q96PV0 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC31.68■■■□□ 2.66
SYNGAP1Q96PV0 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
SYNGAP1Q96PV0 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC31.67■■■□□ 2.66
SYNGAP1Q96PV0 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
SYNGAP1Q96PV0 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.67■■■□□ 2.66
SYNGAP1Q96PV0 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
SYNGAP1Q96PV0 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC31.67■■■□□ 2.66
SYNGAP1Q96PV0 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
SYNGAP1Q96PV0 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
SYNGAP1Q96PV0 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
SYNGAP1Q96PV0 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
SYNGAP1Q96PV0 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
SYNGAP1Q96PV0 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
SYNGAP1Q96PV0 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC31.59■■■□□ 2.65
SYNGAP1Q96PV0 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
SYNGAP1Q96PV0 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC31.57■■■□□ 2.65
SYNGAP1Q96PV0 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC31.57■■■□□ 2.64
SYNGAP1Q96PV0 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
SYNGAP1Q96PV0 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
SYNGAP1Q96PV0 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC31.55■■■□□ 2.64
SYNGAP1Q96PV0 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC31.53■■■□□ 2.64
SYNGAP1Q96PV0 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
SYNGAP1Q96PV0 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.64
SYNGAP1Q96PV0 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
SYNGAP1Q96PV0 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.49■■■□□ 2.63
SYNGAP1Q96PV0 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC31.49■■■□□ 2.63
SYNGAP1Q96PV0 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.49■■■□□ 2.63
SYNGAP1Q96PV0 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC31.49■■■□□ 2.63
SYNGAP1Q96PV0 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
SYNGAP1Q96PV0 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
SYNGAP1Q96PV0 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC31.45■■■□□ 2.62
SYNGAP1Q96PV0 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.62
SYNGAP1Q96PV0 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC31.45■■■□□ 2.62
SYNGAP1Q96PV0 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC31.44■■■□□ 2.62
SYNGAP1Q96PV0 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.42■■■□□ 2.62
SYNGAP1Q96PV0 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC31.42■■■□□ 2.62
SYNGAP1Q96PV0 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC31.42■■■□□ 2.62
SYNGAP1Q96PV0 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
SYNGAP1Q96PV0 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC31.41■■■□□ 2.62
SYNGAP1Q96PV0 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
SYNGAP1Q96PV0 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC31.4■■■□□ 2.62
SYNGAP1Q96PV0 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC31.32■■■□□ 2.6
SYNGAP1Q96PV0 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC31.29■■■□□ 2.6
SYNGAP1Q96PV0 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
SYNGAP1Q96PV0 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC31.28■■■□□ 2.6
SYNGAP1Q96PV0 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC31.28■■■□□ 2.6
SYNGAP1Q96PV0 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC31.27■■■□□ 2.6
SYNGAP1Q96PV0 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC31.26■■■□□ 2.6
SYNGAP1Q96PV0 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC31.26■■■□□ 2.6
SYNGAP1Q96PV0 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
SYNGAP1Q96PV0 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
SYNGAP1Q96PV0 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
SYNGAP1Q96PV0 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC31.24■■■□□ 2.59
SYNGAP1Q96PV0 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC31.24■■■□□ 2.59
SYNGAP1Q96PV0 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
SYNGAP1Q96PV0 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
SYNGAP1Q96PV0 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.23■■■□□ 2.59
SYNGAP1Q96PV0 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
SYNGAP1Q96PV0 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC31.22■■■□□ 2.59
SYNGAP1Q96PV0 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.59
SYNGAP1Q96PV0 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC31.2■■■□□ 2.58
SYNGAP1Q96PV0 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.58
SYNGAP1Q96PV0 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.19■■■□□ 2.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms