Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CHD3Q12873 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
CHD3Q12873 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CHD3Q12873 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CHD3Q12873 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHD3Q12873 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHD3Q12873 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CHD3Q12873 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHD3Q12873 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHD3Q12873 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHD3Q12873 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHD3Q12873 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHD3Q12873 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHD3Q12873 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHD3Q12873 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHD3Q12873 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHD3Q12873 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHD3Q12873 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CHD3Q12873 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHD3Q12873 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHD3Q12873 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CHD3Q12873 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHD3Q12873 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHD3Q12873 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHD3Q12873 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CHD3Q12873 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHD3Q12873 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHD3Q12873 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHD3Q12873 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHD3Q12873 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
CHD3Q12873 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD3Q12873 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD3Q12873 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD3Q12873 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHD3Q12873 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHD3Q12873 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHD3Q12873 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHD3Q12873 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHD3Q12873 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC23.45■■□□□ 1.35
CHD3Q12873 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHD3Q12873 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHD3Q12873 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHD3Q12873 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHD3Q12873 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHD3Q12873 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHD3Q12873 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHD3Q12873 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHD3Q12873 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.8 ms