Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXA4Q00056 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXA4Q00056 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXA4Q00056 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXA4Q00056 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXA4Q00056 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXA4Q00056 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXA4Q00056 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
HOXA4Q00056 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
HOXA4Q00056 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXA4Q00056 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXA4Q00056 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXA4Q00056 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXA4Q00056 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXA4Q00056 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXA4Q00056 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXA4Q00056 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXA4Q00056 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXA4Q00056 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HOXA4Q00056 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HOXA4Q00056 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HOXA4Q00056 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
HOXA4Q00056 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
HOXA4Q00056 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
HOXA4Q00056 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
HOXA4Q00056 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
HOXA4Q00056 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXA4Q00056 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXA4Q00056 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXA4Q00056 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXA4Q00056 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXA4Q00056 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
HOXA4Q00056 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
HOXA4Q00056 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXA4Q00056 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXA4Q00056 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXA4Q00056 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXA4Q00056 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXA4Q00056 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXA4Q00056 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXA4Q00056 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXA4Q00056 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXA4Q00056 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXA4Q00056 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXA4Q00056 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXA4Q00056 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.31
HOXA4Q00056 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXA4Q00056 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXA4Q00056 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXA4Q00056 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXA4Q00056 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXA4Q00056 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXA4Q00056 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXA4Q00056 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXA4Q00056 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXA4Q00056 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXA4Q00056 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXA4Q00056 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXA4Q00056 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXA4Q00056 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXA4Q00056 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXA4Q00056 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXA4Q00056 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXA4Q00056 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HOXA4Q00056 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXA4Q00056 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXA4Q00056 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXA4Q00056 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXA4Q00056 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXA4Q00056 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXA4Q00056 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXA4Q00056 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXA4Q00056 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXA4Q00056 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXA4Q00056 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXA4Q00056 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXA4Q00056 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXA4Q00056 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXA4Q00056 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXA4Q00056 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXA4Q00056 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXA4Q00056 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXA4Q00056 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXA4Q00056 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXA4Q00056 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXA4Q00056 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXA4Q00056 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXA4Q00056 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXA4Q00056 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXA4Q00056 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXA4Q00056 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXA4Q00056 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXA4Q00056 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXA4Q00056 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXA4Q00056 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXA4Q00056 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXA4Q00056 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXA4Q00056 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXA4Q00056 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXA4Q00056 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.9 ms