Protein–RNA interactions for Protein: P20908

COL5A1, Collagen alpha-1(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A1P20908 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL5A1P20908 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL5A1P20908 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL5A1P20908 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL5A1P20908 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL5A1P20908 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL5A1P20908 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL5A1P20908 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL5A1P20908 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL5A1P20908 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL5A1P20908 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL5A1P20908 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL5A1P20908 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL5A1P20908 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL5A1P20908 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL5A1P20908 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL5A1P20908 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL5A1P20908 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL5A1P20908 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL5A1P20908 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL5A1P20908 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL5A1P20908 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL5A1P20908 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL5A1P20908 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL5A1P20908 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
COL5A1P20908 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC27.2■■□□□ 1.95
COL5A1P20908 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
COL5A1P20908 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL5A1P20908 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
COL5A1P20908 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL5A1P20908 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL5A1P20908 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL5A1P20908 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.93
COL5A1P20908 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
COL5A1P20908 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL5A1P20908 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL5A1P20908 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
COL5A1P20908 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL5A1P20908 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL5A1P20908 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL5A1P20908 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL5A1P20908 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL5A1P20908 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL5A1P20908 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL5A1P20908 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL5A1P20908 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL5A1P20908 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL5A1P20908 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
COL5A1P20908 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
COL5A1P20908 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL5A1P20908 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL5A1P20908 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL5A1P20908 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL5A1P20908 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL5A1P20908 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
COL5A1P20908 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC27■■□□□ 1.91
COL5A1P20908 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A1P20908 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A1P20908 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL5A1P20908 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL5A1P20908 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL5A1P20908 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL5A1P20908 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
COL5A1P20908 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
COL5A1P20908 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL5A1P20908 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
COL5A1P20908 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL5A1P20908 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL5A1P20908 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL5A1P20908 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL5A1P20908 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL5A1P20908 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL5A1P20908 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL5A1P20908 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL5A1P20908 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL5A1P20908 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL5A1P20908 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
COL5A1P20908 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL5A1P20908 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL5A1P20908 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL5A1P20908 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL5A1P20908 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL5A1P20908 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL5A1P20908 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL5A1P20908 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL5A1P20908 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL5A1P20908 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL5A1P20908 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL5A1P20908 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
COL5A1P20908 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL5A1P20908 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL5A1P20908 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL5A1P20908 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL5A1P20908 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL5A1P20908 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.88
COL5A1P20908 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL5A1P20908 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL5A1P20908 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL5A1P20908 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL5A1P20908 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.9 ms