Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
HOXD4P09016 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXD4P09016 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXD4P09016 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXD4P09016 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXD4P09016 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXD4P09016 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXD4P09016 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXD4P09016 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXD4P09016 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXD4P09016 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXD4P09016 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXD4P09016 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXD4P09016 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXD4P09016 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXD4P09016 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXD4P09016 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXD4P09016 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXD4P09016 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXD4P09016 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXD4P09016 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXD4P09016 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXD4P09016 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HOXD4P09016 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HOXD4P09016 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXD4P09016 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXD4P09016 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXD4P09016 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXD4P09016 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXD4P09016 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
HOXD4P09016 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
HOXD4P09016 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
HOXD4P09016 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
HOXD4P09016 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
HOXD4P09016 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXD4P09016 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXD4P09016 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXD4P09016 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXD4P09016 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXD4P09016 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXD4P09016 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXD4P09016 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXD4P09016 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXD4P09016 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXD4P09016 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXD4P09016 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXD4P09016 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXD4P09016 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXD4P09016 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXD4P09016 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXD4P09016 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXD4P09016 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXD4P09016 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXD4P09016 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXD4P09016 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXD4P09016 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
HOXD4P09016 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
HOXD4P09016 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXD4P09016 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXD4P09016 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXD4P09016 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXD4P09016 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXD4P09016 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXD4P09016 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXD4P09016 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXD4P09016 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXD4P09016 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXD4P09016 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXD4P09016 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXD4P09016 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXD4P09016 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXD4P09016 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXD4P09016 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXD4P09016 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXD4P09016 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXD4P09016 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXD4P09016 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXD4P09016 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXD4P09016 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXD4P09016 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXD4P09016 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXD4P09016 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
HOXD4P09016 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXD4P09016 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXD4P09016 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXD4P09016 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXD4P09016 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXD4P09016 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXD4P09016 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXD4P09016 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXD4P09016 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HOXD4P09016 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HOXD4P09016 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXD4P09016 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXD4P09016 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXD4P09016 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXD4P09016 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXD4P09016 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXD4P09016 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXD4P09016 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.3 ms