Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SPTA1P02549 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SPTA1P02549 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SPTA1P02549 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SPTA1P02549 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
SPTA1P02549 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SPTA1P02549 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SPTA1P02549 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SPTA1P02549 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
SPTA1P02549 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
SPTA1P02549 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
SPTA1P02549 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC25.93■■□□□ 1.74
SPTA1P02549 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
SPTA1P02549 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SPTA1P02549 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SPTA1P02549 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SPTA1P02549 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
SPTA1P02549 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
SPTA1P02549 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SPTA1P02549 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
SPTA1P02549 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
SPTA1P02549 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SPTA1P02549 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SPTA1P02549 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SPTA1P02549 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SPTA1P02549 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SPTA1P02549 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SPTA1P02549 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SPTA1P02549 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
SPTA1P02549 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SPTA1P02549 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SPTA1P02549 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SPTA1P02549 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SPTA1P02549 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
SPTA1P02549 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
SPTA1P02549 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SPTA1P02549 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SPTA1P02549 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SPTA1P02549 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SPTA1P02549 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SPTA1P02549 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SPTA1P02549 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SPTA1P02549 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SPTA1P02549 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SPTA1P02549 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SPTA1P02549 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SPTA1P02549 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
SPTA1P02549 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SPTA1P02549 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SPTA1P02549 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SPTA1P02549 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
SPTA1P02549 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
SPTA1P02549 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SPTA1P02549 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SPTA1P02549 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SPTA1P02549 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SPTA1P02549 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SPTA1P02549 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SPTA1P02549 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SPTA1P02549 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SPTA1P02549 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SPTA1P02549 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SPTA1P02549 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SPTA1P02549 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SPTA1P02549 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SPTA1P02549 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SPTA1P02549 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SPTA1P02549 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SPTA1P02549 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SPTA1P02549 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SPTA1P02549 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SPTA1P02549 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SPTA1P02549 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SPTA1P02549 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SPTA1P02549 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SPTA1P02549 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SPTA1P02549 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SPTA1P02549 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SPTA1P02549 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SPTA1P02549 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SPTA1P02549 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SPTA1P02549 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SPTA1P02549 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SPTA1P02549 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SPTA1P02549 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SPTA1P02549 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SPTA1P02549 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SPTA1P02549 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SPTA1P02549 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SPTA1P02549 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SPTA1P02549 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
SPTA1P02549 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SPTA1P02549 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC25.33■■□□□ 1.64
SPTA1P02549 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SPTA1P02549 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SPTA1P02549 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SPTA1P02549 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
SPTA1P02549 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SPTA1P02549 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SPTA1P02549 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms