Protein–RNA interactions for Protein: O60663

LMX1B, LIM homeobox transcription factor 1-beta, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1BO60663 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LMX1BO60663 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LMX1BO60663 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LMX1BO60663 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LMX1BO60663 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LMX1BO60663 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LMX1BO60663 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LMX1BO60663 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LMX1BO60663 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LMX1BO60663 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LMX1BO60663 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LMX1BO60663 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LMX1BO60663 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LMX1BO60663 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LMX1BO60663 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LMX1BO60663 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LMX1BO60663 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LMX1BO60663 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LMX1BO60663 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LMX1BO60663 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LMX1BO60663 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LMX1BO60663 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LMX1BO60663 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LMX1BO60663 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LMX1BO60663 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LMX1BO60663 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LMX1BO60663 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LMX1BO60663 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LMX1BO60663 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LMX1BO60663 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LMX1BO60663 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LMX1BO60663 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LMX1BO60663 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LMX1BO60663 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
LMX1BO60663 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LMX1BO60663 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LMX1BO60663 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LMX1BO60663 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.47
LMX1BO60663 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LMX1BO60663 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LMX1BO60663 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LMX1BO60663 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LMX1BO60663 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LMX1BO60663 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LMX1BO60663 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LMX1BO60663 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LMX1BO60663 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
LMX1BO60663 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LMX1BO60663 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LMX1BO60663 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LMX1BO60663 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LMX1BO60663 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LMX1BO60663 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LMX1BO60663 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LMX1BO60663 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LMX1BO60663 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LMX1BO60663 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LMX1BO60663 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LMX1BO60663 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LMX1BO60663 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LMX1BO60663 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LMX1BO60663 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
LMX1BO60663 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
LMX1BO60663 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LMX1BO60663 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LMX1BO60663 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LMX1BO60663 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LMX1BO60663 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LMX1BO60663 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LMX1BO60663 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LMX1BO60663 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LMX1BO60663 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LMX1BO60663 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LMX1BO60663 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LMX1BO60663 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LMX1BO60663 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LMX1BO60663 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LMX1BO60663 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
LMX1BO60663 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LMX1BO60663 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LMX1BO60663 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
LMX1BO60663 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
LMX1BO60663 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LMX1BO60663 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
LMX1BO60663 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LMX1BO60663 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LMX1BO60663 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LMX1BO60663 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LMX1BO60663 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LMX1BO60663 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LMX1BO60663 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LMX1BO60663 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LMX1BO60663 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LMX1BO60663 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LMX1BO60663 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LMX1BO60663 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LMX1BO60663 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LMX1BO60663 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LMX1BO60663 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LMX1BO60663 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms