Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC37.12■■■■□ 3.53
MSH5O43196 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC37.11■■■■□ 3.53
MSH5O43196 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC37.06■■■■□ 3.52
MSH5O43196 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.04■■■■□ 3.52
MSH5O43196 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC36.99■■■■□ 3.51
MSH5O43196 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
MSH5O43196 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.97■■■■□ 3.51
MSH5O43196 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.97■■■■□ 3.51
MSH5O43196 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
MSH5O43196 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC36.95■■■■□ 3.51
MSH5O43196 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC36.91■■■■□ 3.5
MSH5O43196 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.9■■■■□ 3.5
MSH5O43196 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.9■■■■□ 3.5
MSH5O43196 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
MSH5O43196 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.88■■■■□ 3.49
MSH5O43196 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.88■■■■□ 3.49
MSH5O43196 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC36.86■■■■□ 3.49
MSH5O43196 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC36.85■■■■□ 3.49
MSH5O43196 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.85■■■■□ 3.49
MSH5O43196 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
MSH5O43196 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC36.83■■■■□ 3.49
MSH5O43196 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.82■■■■□ 3.48
MSH5O43196 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.81■■■■□ 3.48
MSH5O43196 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC36.81■■■■□ 3.48
MSH5O43196 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC36.79■■■■□ 3.48
MSH5O43196 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
MSH5O43196 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.74■■■■□ 3.47
MSH5O43196 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC36.74■■■■□ 3.47
MSH5O43196 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC36.71■■■■□ 3.47
MSH5O43196 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC36.7■■■■□ 3.47
MSH5O43196 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
MSH5O43196 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
MSH5O43196 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC36.68■■■■□ 3.46
MSH5O43196 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.67■■■■□ 3.46
MSH5O43196 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC36.67■■■■□ 3.46
MSH5O43196 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC36.66■■■■□ 3.46
MSH5O43196 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC36.64■■■■□ 3.46
MSH5O43196 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC36.62■■■■□ 3.45
MSH5O43196 AC079416.2-201ENST00000625035 1193 ntBASIC36.58■■■■□ 3.45
MSH5O43196 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.58■■■■□ 3.45
MSH5O43196 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.45
MSH5O43196 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
MSH5O43196 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
MSH5O43196 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.53■■■■□ 3.44
MSH5O43196 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
MSH5O43196 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC36.52■■■■□ 3.44
MSH5O43196 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC36.52■■■■□ 3.44
MSH5O43196 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.44
MSH5O43196 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
MSH5O43196 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC36.5■■■■□ 3.43
MSH5O43196 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
MSH5O43196 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
MSH5O43196 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
MSH5O43196 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC36.46■■■■□ 3.43
MSH5O43196 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
MSH5O43196 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
MSH5O43196 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC36.44■■■■□ 3.42
MSH5O43196 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC36.43■■■■□ 3.42
MSH5O43196 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC36.42■■■■□ 3.42
MSH5O43196 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
MSH5O43196 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
MSH5O43196 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.4■■■■□ 3.42
MSH5O43196 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
MSH5O43196 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
MSH5O43196 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC36.39■■■■□ 3.42
MSH5O43196 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC36.39■■■■□ 3.42
MSH5O43196 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.35■■■■□ 3.41
MSH5O43196 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
MSH5O43196 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
MSH5O43196 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC36.35■■■■□ 3.41
MSH5O43196 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC36.32■■■■□ 3.4
MSH5O43196 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC36.32■■■■□ 3.4
MSH5O43196 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC36.31■■■■□ 3.4
MSH5O43196 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
MSH5O43196 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
MSH5O43196 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC36.3■■■■□ 3.4
MSH5O43196 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
MSH5O43196 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC36.28■■■■□ 3.4
MSH5O43196 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC36.28■■■■□ 3.4
MSH5O43196 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.26■■■■□ 3.4
MSH5O43196 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.26■■■■□ 3.4
MSH5O43196 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
MSH5O43196 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
MSH5O43196 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
MSH5O43196 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC36.24■■■■□ 3.39
MSH5O43196 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC36.24■■■■□ 3.39
MSH5O43196 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
MSH5O43196 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
MSH5O43196 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC36.21■■■■□ 3.39
MSH5O43196 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC36.21■■■■□ 3.39
MSH5O43196 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC36.21■■■■□ 3.39
MSH5O43196 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC36.2■■■■□ 3.39
MSH5O43196 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
MSH5O43196 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC36.19■■■■□ 3.38
MSH5O43196 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
MSH5O43196 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC36.18■■■■□ 3.38
MSH5O43196 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC36.17■■■■□ 3.38
MSH5O43196 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC36.17■■■■□ 3.38
MSH5O43196 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.15■■■■□ 3.38
MSH5O43196 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC36.14■■■■□ 3.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.8 ms