Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP39Q53GS9 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP39Q53GS9 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms