Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 AC006529.1-201ENST00000459978 637 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 FRMD4A-204ENST00000475141 1233 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 RN7SL23P-201ENST00000484055 275 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 LINC00634-202ENST00000505157 222 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC093826.1-201ENST00000508655 993 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AP003390.1-201ENST00000533253 523 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 EIF3K-202ENST00000538434 966 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 TNFSF13B-206ENST00000542136 495 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC092139.2-201ENST00000563750 754 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC136624.2-201ENST00000574883 542 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC025048.2-201ENST00000590744 786 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC009084.3-201ENST00000623356 437 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 HLA-C-210ENST00000640219 976 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 PCDHA1-203ENST00000504120 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 FGD4-203ENST00000472289 1629 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AIPL1-207ENST00000574506 2074 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CADPS2-204ENST00000412584 4308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CPNE2-204ENST00000565874 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CCNA2-202ENST00000618014 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 BCKDHA-201ENST00000269980 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 SYT5-207ENST00000590851 3619 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 CLCNKA-201ENST00000331433 2475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 PSMG2-201ENST00000317615 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 AC097359.2-201ENST00000604992 2389 ntBASIC17.71■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 LGALS12-204ENST00000415491 1816 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 AC004554.1-201ENST00000422830 1468 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 MSH5-203ENST00000375750 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 FGD2-201ENST00000274963 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 SERPINB6-206ENST00000380546 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 C15orf61-201ENST00000342683 4253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 ABCB8-201ENST00000297504 2487 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 ASIC4-202ENST00000358078 2741 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 ADAM23-202ENST00000374415 2714 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 PON3-201ENST00000265627 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 NPPA-202ENST00000376480 855 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 NME4-203ENST00000397722 1232 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 PTGES3-203ENST00000436399 941 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 NCK1-AS1-203ENST00000474250 827 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 RAMP3-203ENST00000496212 543 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 RNA5SP406-201ENST00000516106 112 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 EIF2B1-205ENST00000539951 848 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 AC226150.1-201ENST00000544259 466 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 SOCS2-AS1-204ENST00000551626 618 ntTSL 4 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 NPTN-204ENST00000562924 1094 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 AC003043.1-201ENST00000588260 337 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 ZNF790-AS1-203ENST00000588906 850 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 AL359091.4-201ENST00000610052 409 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 NPPA-203ENST00000610706 849 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 TP53-221ENST00000615910 1149 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 ZNF596-213ENST00000640035 1163 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 NIT1-204ENST00000392190 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 CBX8-201ENST00000269385 3791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 FAM184A-214ENST00000621231 4048 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 TARBP2-202ENST00000394357 1402 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 TRMT1-201ENST00000221504 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 PRKRIP1-201ENST00000397912 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 EPHA8-201ENST00000166244 4943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 PPP1R3G-201ENST00000405617 4907 ntAPPRIS P1 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 MYB-201ENST00000316528 3571 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 HYOU1-218ENST00000614668 1569 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 TSPAN3-205ENST00000558745 1340 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 SNX11-202ENST00000393405 2733 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 APBB3-205ENST00000412920 1455 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 USP4-203ENST00000415188 1454 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 MAP3K10-201ENST00000253055 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 SLC20A2-207ENST00000520179 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 FAM168A-204ENST00000450446 1364 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 SLC25A3-216ENST00000551917 1359 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 UPK1A-203ENST00000616789 1366 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 DLGAP1-214ENST00000539435 2402 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 CTNNB1-210ENST00000453024 2841 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 SPATA20-201ENST00000006658 2719 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 STAT5A-201ENST00000345506 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 CRYGC-201ENST00000282141 629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 LCE3B-201ENST00000335633 288 ntAPPRIS P1 BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 CMTM5-202ENST00000342473 725 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 GEMIN7-202ENST00000391951 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 CXCL12-205ENST00000395794 1052 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 CMTM5-205ENST00000397227 818 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 LIF-202ENST00000403987 592 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 RPL13AP19-201ENST00000434320 584 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 FAHD2CP-203ENST00000467292 965 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 PRSS3P1-201ENST00000503996 742 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 CMTM5-208ENST00000555731 831 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 AC051619.5-201ENST00000559003 736 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 AC132825.4-202ENST00000578792 434 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 RAB11FIP5-205ENST00000486777 6120 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 PVR-202ENST00000344956 3166 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 ILK-201ENST00000299421 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 DHRS4-AS1-204ENST00000555045 1848 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 CHD1L-203ENST00000369259 2358 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 GSTM4-204ENST00000369836 1412 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 SLC47A1-206ENST00000571335 1415 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 PISD-209ENST00000439502 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
TRIM28Q13263 AC108134.1-201ENST00000382225 3061 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
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