Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXD3P31249 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15 ms