Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 GJB1-203ENST00000374029 1587 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 TBC1D25-201ENST00000376771 4042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 TFAP2B-202ENST00000393655 5773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 GRIK5-204ENST00000593562 3308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 TSC2-202ENST00000350773 5532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 FBXL19-202ENST00000380310 3796 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 ADGRG2-207ENST00000379869 4768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 VTN-201ENST00000226218 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 PPP1R26-206ENST00000605660 4502 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 FAM160A2-202ENST00000449352 3354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 SCFD2-201ENST00000388940 2221 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 YIPF3-213ENST00000506469 1444 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 BPI-201ENST00000262865 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 CCR7-203ENST00000579344 1874 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 PTPRU-201ENST00000345512 4470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 VIPAS39-202ENST00000343765 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 NARFL-202ENST00000540986 3212 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 KIR3DL2-201ENST00000270442 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 KIF18B-204ENST00000593135 2745 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 UBL4A-201ENST00000369653 711 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 UBE2I-206ENST00000403747 1217 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 SLC13A3-205ENST00000417157 876 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AL606489.1-201ENST00000443515 486 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 MYL7-209ENST00000458240 791 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 KRT8P1-201ENST00000557533 1207 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 RN7SL190P-201ENST00000582519 257 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 FAM104A-206ENST00000583024 417 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 WDR7-208ENST00000589935 544 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 ZFR2-208ENST00000592398 532 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 CUTA-215ENST00000611509 1199 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 Metazoa_SRP.65-201ENST00000615602 264 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AL353726.2-201ENST00000623259 884 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 CMC2-224ENST00000630396 481 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 GLIDR-205ENST00000640674 884 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 FAM114A2-215ENST00000522858 3379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 ARHGAP25-216ENST00000497079 1843 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 LDHA-203ENST00000379412 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 ZNF180-202ENST00000391956 3049 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 CCDC68-204ENST00000591504 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 UBL4B-201ENST00000334179 1478 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AC012313.3-202ENST00000599109 3322 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 MTRF1L-201ENST00000367230 3431 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 FP565260.2-201ENST00000623476 1599 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 PLEKHB2-206ENST00000409612 2210 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 RALGDS-202ENST00000372050 3634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 STOML1-204ENST00000541638 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 MBD1-204ENST00000347968 3091 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 CLN8-204ENST00000519254 1769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 NICN1-201ENST00000273598 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AMPD2-218ENST00000528454 2728 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 CLSTN1-201ENST00000361311 4647 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 NPL-204ENST00000367554 3027 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 PPM1B-205ENST00000409432 3025 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 PCBP1-AS1-214ENST00000419542 1309 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 EPB41L3-206ENST00000544123 3972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AC005726.3-202ENST00000577814 1316 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 RPUSD2-201ENST00000315616 2358 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 LGALS12-202ENST00000340246 1425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 PEG3-206ENST00000598410 5304 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 KLK6-201ENST00000310157 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 MPI-203ENST00000535694 1523 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AC008125.1-201ENST00000548488 1538 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 CDCA2-201ENST00000330560 3731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AL596257.1-201ENST00000641463 2694 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 OXNAD1-202ENST00000435829 1643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 FOXJ2-201ENST00000162391 5523 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 SYNE3-203ENST00000554873 2826 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 WAC-203ENST00000354911 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 DUOX1-202ENST00000389037 5483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 PTPRS-205ENST00000588012 5993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 ABCB9-216ENST00000542678 6051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 MRPL32-201ENST00000223324 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 PCBP3-201ENST00000400304 1086 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AL807761.2-201ENST00000422849 729 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 ELFN1-201ENST00000424383 3845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 CSHL1-205ENST00000438387 566 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AL592301.1-201ENST00000439501 864 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 PCBP3-208ENST00000449640 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AC114947.1-202ENST00000514136 344 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 MIR4522-201ENST00000584932 87 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 ADGRE3-204ENST00000595472 486 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 RPL18A-204ENST00000599898 491 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AC007326.1-201ENST00000604539 458 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AC018635.2-201ENST00000608625 364 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 GHRHR-212ENST00000611037 923 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 KRTAP10-4-203ENST00000622352 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 USP35-203ENST00000529308 4216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 PLA1A-204ENST00000488919 1456 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 SLC38A6-201ENST00000267488 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 HMBOX1-212ENST00000558662 1765 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 CFAP53-201ENST00000398545 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 TRMT1-201ENST00000221504 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 CLK4-201ENST00000316308 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 ITGB2-207ENST00000397854 2592 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 GAS2L2-203ENST00000618498 2655 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 RASSF5-201ENST00000577571 3496 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 CBX8-201ENST00000269385 3791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 EPB41L3-203ENST00000400111 4259 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.1 ms