Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 COL11A2-203ENST00000374708 6209 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 KLK11-207ENST00000594768 1347 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 AL008718.2-201ENST00000609206 1313 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 WASH3P-204ENST00000558784 1644 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 C4orf19-201ENST00000284437 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 CHD4-201ENST00000357008 6496 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 NDUFA11-202ENST00000418389 2406 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 FECH-202ENST00000382873 2526 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 E2F6-202ENST00000381525 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 SCAP-206ENST00000428413 3749 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 HEATR3-201ENST00000299192 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 PTBP1-201ENST00000349038 3155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 CDC42EP4-202ENST00000439510 2879 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 SESN1-202ENST00000356644 2676 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 TGM6-201ENST00000202625 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 USH1C-207ENST00000527720 2278 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 DEPDC7-201ENST00000241051 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 MAX-201ENST00000246163 897 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 C11orf52-201ENST00000278601 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 LINC02158-201ENST00000432377 897 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 DNAJC27-AS1-207ENST00000451291 488 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 AL358393.1-201ENST00000456771 532 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 AC106047.1-202ENST00000467484 482 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 MARK2P5-201ENST00000507649 634 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 SCARNA21-201ENST00000517026 139 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 SEC23A-204ENST00000548032 907 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 SNORD3B-2-202ENST00000571722 791 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 AC127024.2-201ENST00000581019 789 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 PYY-202ENST00000592796 580 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 MIR6720-201ENST00000611664 98 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 MBD3L2B-202ENST00000637800 774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 GPSM1-202ENST00000354753 3533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 RUNX1T1-246ENST00000523629 7537 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 UBR5-201ENST00000220959 9418 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 ANAPC5-201ENST00000261819 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 TBX5-203ENST00000405440 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 LDLRAD4-205ENST00000585931 2118 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 COG8-206ENST00000306875 4247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 FYTTD1-201ENST00000241502 6866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
NUP88Q99567 MAP7D1-203ENST00000373150 3238 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 HEY1-202ENST00000354724 2293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 CALM1-216ENST00000626705 1341 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ETNPPL-201ENST00000296486 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 PDE9A-208ENST00000398225 1963 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 KNSTRN-202ENST00000416151 1899 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TOM1L2-202ENST00000379504 2418 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 MEIOC-201ENST00000409122 4604 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SEC13-208ENST00000397109 1467 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 F2-201ENST00000311907 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC058822.1-201ENST00000507166 2550 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 MCHR2-201ENST00000281806 2368 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SLC35E2B-203ENST00000611123 5948 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 CUX1-214ENST00000550008 4350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SUPT20H-212ENST00000475892 2836 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 RAB40AL-201ENST00000218249 1029 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 LRRN1-201ENST00000319331 3823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC011742.3-201ENST00000439053 820 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 GLIS3-AS1-201ENST00000451340 734 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AGTRAP-206ENST00000452018 809 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC093904.2-201ENST00000495580 418 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 EIF3M-203ENST00000524896 1207 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC015689.1-201ENST00000525365 462 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TMBIM4-205ENST00000535812 766 ntTSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TMBIM4-212ENST00000556010 610 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AL132642.1-201ENST00000557646 553 ntTSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC009093.8-202ENST00000562902 677 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC008825.2-201ENST00000603374 718 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 BX088702.1-201ENST00000610784 235 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AL805961.1-203ENST00000641078 1258 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 CLEC18A-201ENST00000288040 2155 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 PCDHB13-201ENST00000341948 5061 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 KIF17-201ENST00000247986 3969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 CAPN3-207ENST00000397200 1643 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 MAP7D1-204ENST00000373151 3324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 MFSD13A-201ENST00000238936 2852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TMEM189-203ENST00000371656 1973 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ECSIT-201ENST00000252440 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 DDX56-201ENST00000258772 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 CDPF1-203ENST00000404583 1439 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 RABL6-211ENST00000629216 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ASB10-204ENST00000420175 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 NOP2-222ENST00000617555 2017 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC004943.2-201ENST00000563328 4842 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 E2F3-201ENST00000346618 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 FAM149A-202ENST00000356371 2997 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 GOLGA8DP-202ENST00000341390 2184 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TBC1D8-202ENST00000409318 3803 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ELF2-202ENST00000379549 3005 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ELFN2-207ENST00000613079 8360 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 EXT1-201ENST00000378204 8270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 RSPO1-202ENST00000401068 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 REC8-209ENST00000611366 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 APOLD1-201ENST00000326765 4724 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 KCNT1-208ENST00000488444 3696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ADPRHL1-201ENST00000356501 1877 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 CFAP53-201ENST00000398545 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 PITPNM1-216ENST00000534749 4189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 OSBPL5-210ENST00000525498 2733 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC091046.1-201ENST00000331871 207 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.8 ms