Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 833 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 CCDC126-202ENST00000409765 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 CAPN3-207ENST00000397200 1643 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 RBM3-202ENST00000376755 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 RPL37AP1-201ENST00000412502 279 ntBASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 TMEM120A-203ENST00000439537 1161 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 AC090607.3-202ENST00000558971 383 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 BLCAP-205ENST00000397137 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 MSTO1-201ENST00000245564 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 KIFC3-211ENST00000562903 3221 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 COL22A1-201ENST00000303045 6346 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 DOK1-202ENST00000340004 1722 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 SHROOM1-203ENST00000378679 4019 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 HLA-DPA1-242ENST00000419277 1704 ntAPPRIS P2 BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 ACAN-209ENST00000617301 8669 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 STAB1-201ENST00000321725 7928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 PLD1-201ENST00000331659 2906 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 SETD1A-201ENST00000262519 6451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 MLPH-201ENST00000264605 3823 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 LARP4-201ENST00000293618 6296 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 EFR3B-202ENST00000401432 5162 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 ELN-209ENST00000380576 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 SPATA7-217ENST00000556553 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 TMEM170A-207ENST00000569540 2331 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
IFT88Q13099 LDHA-203ENST00000379412 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 TCAM1P-207ENST00000485295 1537 ntBASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 ADAMTS13-202ENST00000356589 4349 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 CCT4-201ENST00000394440 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 TTC7A-203ENST00000409245 3033 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 KDR-201ENST00000263923 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 HELLS-202ENST00000348459 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 OLA1-202ENST00000344357 1656 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 MGAT1-205ENST00000446023 3175 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 HIPK1-205ENST00000369558 8157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 NIPAL3-203ENST00000358028 1757 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 AP001056.1-201ENST00000411956 821 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 CERNA1-201ENST00000559779 908 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 AC131235.3-202ENST00000608135 362 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 HSP90AA1-201ENST00000216281 3379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 ADGRA1-201ENST00000392606 3438 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 TOE1-201ENST00000372090 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 PBRM1-204ENST00000394830 5071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 REC8-213ENST00000620473 2405 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 SPECC1L-ADORA2A-201ENST00000358654 6204 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 GTF2IRD2-201ENST00000451013 3558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 FDPS-202ENST00000368356 1431 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 STX1A-201ENST00000222812 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 LINC00324-201ENST00000315707 2082 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 STX1A-204ENST00000395156 2050 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 SSBP2-220ENST00000615665 4465 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 PCDHGA6-202ENST00000610583 5650 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 RHD-202ENST00000342055 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
IFT88Q13099 AGRN-210ENST00000620552 7394 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
IFT88Q13099 EPHX2-202ENST00000517536 1600 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
IFT88Q13099 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC15.06■□□□□ 0
IFT88Q13099 SLC45A1-201ENST00000289877 2401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
IFT88Q13099 RAB40A-202ENST00000372633 3126 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
IFT88Q13099 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
IFT88Q13099 GATA2-201ENST00000341105 3367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
IFT88Q13099 CXCL12-201ENST00000343575 1857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
IFT88Q13099 PTH2R-201ENST00000272847 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
IFT88Q13099 PAX8-204ENST00000397647 3633 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
IFT88Q13099 WDR66-201ENST00000288912 4467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
IFT88Q13099 GSTCD-206ENST00000507281 2091 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
IFT88Q13099 AGGF1P1-201ENST00000509500 2073 ntBASIC15.06■□□□□ 0
IFT88Q13099 MIRLET7BHG-201ENST00000360737 4560 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
IFT88Q13099 CLPP-201ENST00000245816 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
IFT88Q13099 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
IFT88Q13099 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
IFT88Q13099 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
IFT88Q13099 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
IFT88Q13099 AL391845.1-202ENST00000449154 437 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
IFT88Q13099 DUSP13-205ENST00000464872 684 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65 ms