Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 FOXRED1-213ENST00000532125 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CDC42EP4-201ENST00000335793 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 TK2-201ENST00000299697 5114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 TBC1D9B-201ENST00000355235 5119 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CYB5R3-205ENST00000407623 2153 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PABPC4-203ENST00000372858 2753 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PGAP2-227ENST00000496834 1530 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CCDC43-203ENST00000588210 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SCAMP1-AS1-201ENST00000421004 1479 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SLC27A6-201ENST00000262462 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 C18orf15-201ENST00000623680 2534 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 P2RX5-207ENST00000551178 1863 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 RIMS1-210ENST00000491071 5047 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SYT6-201ENST00000369547 4369 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CRHR1-205ENST00000352855 1146 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 UROS-201ENST00000368774 744 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CUTA-203ENST00000374500 937 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 DIO1-203ENST00000388876 606 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PTTG1IP-202ENST00000397886 755 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CHTF8-202ENST00000398235 1073 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 RBM4-203ENST00000398692 921 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 MIR1301-201ENST00000408518 82 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC112721.1-201ENST00000409162 588 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 OR51A9P-201ENST00000422578 911 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 GRAMD1A-203ENST00000424536 808 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 NAA60-205ENST00000424546 1149 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AL663074.1-201ENST00000436642 299 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 RASA3-IT1-201ENST00000454005 380 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 LINC01056-201ENST00000455711 1234 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC108462.1-201ENST00000457467 850 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 RBM4-207ENST00000506523 654 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 LINC02171-201ENST00000508619 1033 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 DIO1-204ENST00000524406 626 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 DIO1-213ENST00000532493 406 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC009779.3-204ENST00000549424 367 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC008050.1-201ENST00000554926 632 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC015712.5-201ENST00000558568 564 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SNHG25-202ENST00000582965 278 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC011451.3-201ENST00000634951 582 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 BID-213ENST00000615414 2236 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SPIN3-224ENST00000639583 2245 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC010096.1-201ENST00000443897 1709 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 NUCB1-202ENST00000407032 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 UCP2-201ENST00000310473 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 LMF2-202ENST00000474879 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 MARK3-204ENST00000416682 2969 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CNPY4-201ENST00000262932 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ENDOU-203ENST00000545824 1513 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 GALNT6-201ENST00000356317 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PCDHGA11-202ENST00000518882 2263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 HDHD2-201ENST00000300605 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 DENND1A-202ENST00000373620 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PSTPIP1-207ENST00000559295 1349 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PAF1-201ENST00000221265 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CADPS2-204ENST00000412584 4308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 LINC00963-203ENST00000423918 1654 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 TNF-208ENST00000449264 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AGK-211ENST00000629555 2765 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 UQCC2-201ENST00000374214 432 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PPM1N-205ENST00000401705 771 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AL451105.2-201ENST00000413763 1234 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 HLA-DPA2-205ENST00000433582 733 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC098934.1-203ENST00000442868 1262 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AL355376.1-201ENST00000456082 517 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 LRRC75A-AS1-213ENST00000484836 821 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 LINC02063-201ENST00000503415 566 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 NMNAT3-213ENST00000512391 794 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC022858.1-202ENST00000521084 393 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 IGHVIII-5-2-201ENST00000522505 261 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ANAPC15-204ENST00000535234 848 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ELP5-212ENST00000574255 671 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 MBP-238ENST00000580402 915 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ZNF677-204ENST00000594681 935 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC023024.2-201ENST00000623561 1993 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AHDC1-202ENST00000374011 6438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 LINC00339-208ENST00000634934 1518 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PAPLN-202ENST00000340738 5834 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SUPT20H-212ENST00000475892 2836 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SMYD1-203ENST00000444564 1816 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 TRMT10B-207ENST00000537911 2108 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36 ms