Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 WSB1-216ENST00000584114 479 ntTSL 32.71□□□□□ -1.985e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 ARFGEF2-201ENST00000371917 8852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.14□□□□□ -1.432e-6■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 HNRNPH1-245ENST00000523137 1563 ntTSL 418.42■□□□□ 0.541e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 HNRNPH1-213ENST00000505811 1155 ntTSL 513.49□□□□□ -0.251e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 HNRNPH1-220ENST00000513225 805 ntTSL 413.16□□□□□ -0.31e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 HNRNPH1-217ENST00000510431 620 ntTSL 212.12□□□□□ -0.471e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 HNRNPH1-215ENST00000508103 610 ntTSL 211.91□□□□□ -0.51e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 HNRNPH1-209ENST00000504348 594 ntTSL 411.43□□□□□ -0.581e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 HNRNPH1-214ENST00000506721 602 ntTSL 511.35□□□□□ -0.591e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 HNRNPH1-232ENST00000519056 530 ntTSL 410.46□□□□□ -0.731e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.473e-36■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.192e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 PSME1-202ENST00000382708 1136 ntTSL 2 BASIC12.94□□□□□ -0.342e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 PSME1-207ENST00000560420 922 ntTSL 212.94□□□□□ -0.342e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 PSME1-201ENST00000206451 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.452e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 PSME1-209ENST00000561142 865 ntTSL 511.43□□□□□ -0.582e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 LUC7L3-208ENST00000505658 7040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.613e-36■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 PSME1-210ENST00000561435 945 ntTSL 2 BASIC9.17□□□□□ -0.942e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 PSME1-206ENST00000559741 763 ntTSL 38.92□□□□□ -0.982e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 PSME1-204ENST00000558112 651 ntTSL 57.71□□□□□ -1.182e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 LUC7L3-204ENST00000503798 663 ntTSL 35.41□□□□□ -1.543e-36■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 LUC7L3-203ENST00000503728 783 ntTSL 55.1□□□□□ -1.593e-36■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 LUC7L3-222ENST00000513969 419 ntTSL 31.98□□□□□ -2.093e-36■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 ANKZF1-219ENST00000483188 529 ntTSL 210.33□□□□□ -0.762e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 HERPUD1-209ENST00000564678 2199 ntTSL 1 (best)7.4□□□□□ -1.239e-9■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 HERPUD1-207ENST00000563781 774 ntTSL 34.88□□□□□ -1.639e-9■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 HERPUD1-213ENST00000568358 751 ntTSL 53.97□□□□□ -1.779e-9■■□□□ 11.8
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SF3A3Q12874 ARFGAP2-215ENST00000528041 578 ntTSL 48.33□□□□□ -1.084e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 ARFGAP2-221ENST00000529599 555 ntTSL 47.75□□□□□ -1.174e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 TRAF4-203ENST00000394925 702 ntTSL 217.47■□□□□ 0.392e-6■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 TRAF4-212ENST00000498540 748 ntTSL 312.03□□□□□ -0.482e-6■■□□□ 11.8
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SF3A3Q12874 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.31e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 PAXBP1-204ENST00000443785 2920 ntTSL 1 (best)21.04■□□□□ 0.961e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 PAXBP1-202ENST00000331923 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.461e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 PAXBP1-207ENST00000466846 3879 ntTSL 23.42□□□□□ -1.861e-7■■□□□ 11.8
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SF3A3Q12874 DDX17-203ENST00000403230 2322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)17.68■□□□□ 0.425e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 DDX17-202ENST00000396821 4791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.125e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 DDX17-201ENST00000216019 6441 ntTSL 1 (best)14.24□□□□□ -0.135e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 RNPS1-212ENST00000564822 314 ntTSL 418.65■□□□□ 0.588e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 TMEM245-201ENST00000374586 7980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.048e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 RNPS1-208ENST00000563857 739 ntTSL 214.22□□□□□ -0.138e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 TMEM245-205ENST00000491854 2435 ntTSL 28.45□□□□□ -1.068e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 TMEM245-202ENST00000413712 1973 ntTSL 27.63□□□□□ -1.198e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 RNPS1-215ENST00000565589 666 ntTSL 26.86□□□□□ -1.318e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.866e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 AP3D1-212ENST00000592488 707 ntTSL 314.79□□□□□ -0.043e-6■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.551e-20■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.76e-19■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 EEF1A1-202ENST00000316292 4441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.246e-19■■□□□ 11.8
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SF3A3Q12874 EEF1A1-201ENST00000309268 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.79□□□□□ -0.686e-19■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 EEF1A1-204ENST00000356303 635 ntTSL 27.35□□□□□ -1.236e-19■■□□□ 11.8
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SF3A3Q12874 EEF1A1-211ENST00000615060 3508 ntTSL 5 BASIC4.79□□□□□ -1.646e-19■■□□□ 11.8
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SF3A3Q12874 SLC26A6-205ENST00000395550 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.43□□□□□ -0.11e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 SLC26A6-201ENST00000307364 2586 ntTSL 1 (best)14.05□□□□□ -0.161e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 SLC26A6-204ENST00000383733 2545 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.181e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 SLC26A6-207ENST00000420764 2630 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.181e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 SPTBN1-204ENST00000467371 3332 ntTSL 27.66□□□□□ -1.181e-31■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.876e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.596e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.456e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 SEMA3B-207ENST00000441915 2710 ntTSL 1 (best)17.61■□□□□ 0.416e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 SEMA3B-214ENST00000619119 3158 ntTSL 517.46■□□□□ 0.396e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 SEMA3B-212ENST00000616701 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.196e-7■■□□□ 11.8
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SF3A3Q12874 AGPAT3-210ENST00000457068 924 ntTSL 313.7□□□□□ -0.222e-8■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 AGPAT3-214ENST00000481319 616 ntTSL 312.4□□□□□ -0.422e-8■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 AGPAT3-208ENST00000448287 454 ntTSL 311.93□□□□□ -0.52e-8■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 AGPAT3-207ENST00000445582 582 ntTSL 311.67□□□□□ -0.542e-8■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 SLC13A3-203ENST00000372121 848 ntTSL 513.99□□□□□ -0.172e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 SLC13A3-206ENST00000420568 1256 ntTSL 513.99□□□□□ -0.172e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.029e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 EFNA1-201ENST00000368406 1444 ntTSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.499e-7■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 DHRS2-206ENST00000556550 2595 nt14.89□□□□□ -0.039e-16■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 CCNL1-206ENST00000464679 534 ntTSL 34.61□□□□□ -1.673e-23■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 CCNL1-225ENST00000495471 772 ntTSL 24.31□□□□□ -1.723e-23■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 CCNL1-223ENST00000481173 571 ntTSL 23.57□□□□□ -1.843e-23■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 CCNL1-214ENST00000471247 3671 ntTSL 1 (best)3.29□□□□□ -1.883e-23■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 C22orf39-204ENST00000509549 2979 ntTSL 212.82□□□□□ -0.367e-8■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 HIRA-203ENST00000452818 453 ntTSL 59.72□□□□□ -0.857e-8■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 HIRA-204ENST00000464189 560 ntTSL 49.34□□□□□ -0.917e-8■■□□□ 11.8
SF3A3Q12874 POLR2A-206ENST00000576553 602 ntTSL 218.45■□□□□ 0.541e-6■■□□□ 11.7
SF3A3Q12874 AC126755.1-201ENST00000525846 6405 ntBASIC17.43■□□□□ 0.386e-7■■□□□ 11.7
SF3A3Q12874 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.071e-9■■□□□ 11.7
SF3A3Q12874 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.611e-9■■□□□ 11.7
SF3A3Q12874 POR-219ENST00000471238 600 ntTSL 315.51■□□□□ 0.071e-9■■□□□ 11.7
SF3A3Q12874 POR-213ENST00000448410 1104 ntTSL 315.22■□□□□ 0.031e-9■■□□□ 11.7
SF3A3Q12874 POR-203ENST00000412521 586 ntTSL 414.07□□□□□ -0.161e-9■■□□□ 11.7
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