Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 SYBU-217ENST00000528331 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.43□□□□□ -0.12e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 RIC8A-209ENST00000527728 859 ntTSL 514.13□□□□□ -0.152e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 SYBU-235ENST00000533895 3244 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.222e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 SYBU-203ENST00000408889 2776 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.242e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 ABCB6-208ENST00000487380 768 ntTSL 213.45□□□□□ -0.263e-10■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 FOS-205ENST00000555242 629 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.263e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 SYBU-204ENST00000408908 2983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.352e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 ABCB6-213ENST00000497882 3008 ntTSL 211.98□□□□□ -0.493e-10■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 DDX19A-201ENST00000302243 2997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.574e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 PPP1CA-205ENST00000527663 765 ntTSL 311.2□□□□□ -0.623e-10■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 SNX29-202ENST00000563308 683 ntTSL 511.08□□□□□ -0.649e-7■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 AC012184.2-201ENST00000565116 565 ntTSL 511.02□□□□□ -0.654e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 DDX19A-214ENST00000569771 3067 ntTSL 1 (best)10.76□□□□□ -0.694e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 SYBU-202ENST00000399066 3435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.692e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 HERC1-209ENST00000560519 591 ntTSL 310.72□□□□□ -0.691e-12■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 DDX19A-210ENST00000567012 1178 ntTSL 1 (best)9.94□□□□□ -0.824e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 RIC8A-206ENST00000527039 675 ntTSL 29.84□□□□□ -0.832e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 AC012184.2-202ENST00000567706 867 ntTSL 59.81□□□□□ -0.844e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 SYBU-212ENST00000526736 530 ntTSL 48.25□□□□□ -1.092e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 CEP170-224ENST00000523424 593 ntTSL 58.12□□□□□ -1.113e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 SYBU-229ENST00000532594 562 ntTSL 47.91□□□□□ -1.142e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 SYBU-214ENST00000527664 556 ntTSL 47.15□□□□□ -1.262e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 PIP5K1B-203ENST00000437200 791 ntTSL 56.89□□□□□ -1.313e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 PIP5K1B-204ENST00000440050 813 ntTSL 26.67□□□□□ -1.343e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 SYBU-218ENST00000528569 558 ntTSL 46.49□□□□□ -1.372e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 DONSON-207ENST00000440810 703 ntTSL 55.94□□□□□ -1.462e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 DONSON-209ENST00000444517 1180 ntTSL 1 (best)5.06□□□□□ -1.62e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 SYBU-233ENST00000533394 594 ntTSL 44.69□□□□□ -1.662e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 N4BP2L2-201ENST00000267068 9427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.58□□□□□ -1.682e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 CHD1-206ENST00000511067 817 ntTSL 54.35□□□□□ -1.712e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 DONSON-208ENST00000442660 1566 ntTSL 1 (best)4.25□□□□□ -1.732e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 RFX7-201ENST00000559447 10426 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC4.17□□□□□ -1.743e-10■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 SYBU-216ENST00000528045 564 ntTSL 44.13□□□□□ -1.752e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 SYBU-228ENST00000532189 573 ntTSL 43.91□□□□□ -1.782e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 CHD1-209ENST00000512844 848 ntTSL 53.71□□□□□ -1.812e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 CHD1-211ENST00000514344 2955 ntTSL 53.65□□□□□ -1.832e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 CHD1-203ENST00000505657 736 ntTSL 32.38□□□□□ -2.032e-6■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 RNU6-32P-201ENST00000383948 107 ntBASIC-0.97□□□□□ -2.571e-12■■■■■ 89.1
SF3B1O75533 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.532e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.392e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.282e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.214e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.84e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 SSBP4-205ENST00000598159 747 ntTSL 325.27■■□□□ 1.644e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 SSBP4-209ENST00000601357 606 ntTSL 524.89■■□□□ 1.584e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.924e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.664e-7■■■■■ 89
SF3B1O75533 SSBP4-204ENST00000597724 865 ntTSL 518.23■□□□□ 0.514e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 SSBP4-213ENST00000602088 622 ntTSL 518.23■□□□□ 0.514e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 SSBP4-211ENST00000601614 628 ntTSL 217.82■□□□□ 0.444e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.352e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 SSBP4-214ENST00000607020 504 ntTSL 316.67■□□□□ 0.264e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 NXF1-210ENST00000531579 590 ntTSL 416.26■□□□□ 0.195e-7■■■■■ 89
SF3B1O75533 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.184e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 PSMF1-204ENST00000381898 642 ntTSL 315.46■□□□□ 0.072e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 TRIM41-201ENST00000315073 3637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.014e-7■■■■■ 89
SF3B1O75533 PITRM1-206ENST00000451104 3183 ntTSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.034e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 TRIM41-204ENST00000508930 3834 ntTSL 1 (best)14.78□□□□□ -0.044e-7■■■■■ 89
SF3B1O75533 MROH1-204ENST00000527071 680 ntTSL 314.01□□□□□ -0.171e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 PITRM1-201ENST00000224949 3450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.334e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 PTPN11-205ENST00000635625 1794 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.354e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 SSBP4-215ENST00000625926 162 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.514e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 PITRM1-202ENST00000380989 3487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.534e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 PITRM1-203ENST00000380994 2579 ntTSL 5 BASIC10.9□□□□□ -0.664e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 R3HCC1L-206ENST00000613938 1397 ntTSL 5 BASIC8.53□□□□□ -1.048e-7■■■■■ 89
SF3B1O75533 ADGRV1-234ENST00000640464 4505 ntTSL 55.42□□□□□ -1.543e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 R3HCC1L-202ENST00000314594 3198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.38□□□□□ -1.558e-7■■■■■ 89
SF3B1O75533 R3HCC1L-204ENST00000370586 941 ntTSL 3 BASIC5.23□□□□□ -1.578e-7■■■■■ 89
SF3B1O75533 R3HCC1L-205ENST00000612478 3337 ntTSL 5 BASIC4.54□□□□□ -1.688e-7■■■■■ 89
SF3B1O75533 XRRA1-202ENST00000340360 5681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.122e-7■■■■■ 89
SF3B1O75533 XRRA1-207ENST00000527087 2505 ntTSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.122e-7■■■■■ 89
SF3B1O75533 XRRA1-213ENST00000530562 2339 ntTSL 213.22□□□□□ -0.292e-7■■■■■ 89
SF3B1O75533 XRRA1-215ENST00000531849 5084 ntTSL 213.11□□□□□ -0.312e-7■■■■■ 89
SF3B1O75533 XRRA1-201ENST00000321448 4695 ntTSL 1 (best) BASIC12.52□□□□□ -0.412e-7■■■■■ 89
SF3B1O75533 BST2-202ENST00000527220 335 ntTSL 210.36□□□□□ -0.752e-6■■■■■ 89
SF3B1O75533 SYCP2L-207ENST00000543878 2436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.17□□□□□ -1.421e-6■■■■■ 88.9
SF3B1O75533 SMYD3-217ENST00000493441 823 ntTSL 26.8□□□□□ -1.322e-6■■■■■ 88.9
SF3B1O75533 SMYD3-213ENST00000488153 653 ntTSL 35.79□□□□□ -1.482e-6■■■■■ 88.9
SF3B1O75533 CTTN-205ENST00000415461 1021 ntTSL 322.09■■□□□ 1.135e-7■■■■■ 88.9
SF3B1O75533 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.441e-6■■■■■ 88.8
SF3B1O75533 MNT-202ENST00000571232 508 ntTSL 421.26■□□□□ 0.991e-6■■■■■ 88.8
SF3B1O75533 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.952e-6■■■■■ 88.8
SF3B1O75533 UNKL-206ENST00000402641 669 ntTSL 320.45■□□□□ 0.862e-6■■■■■ 88.8
SF3B1O75533 UNKL-201ENST00000248104 4320 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.132e-6■■■■■ 88.8
SF3B1O75533 UNKL-213ENST00000513783 582 ntTSL 415.55■□□□□ 0.082e-6■■■■■ 88.8
SF3B1O75533 UNKL-207ENST00000403703 4281 ntTSL 1 (best)13.5□□□□□ -0.252e-6■■■■■ 88.8
SF3B1O75533 C5orf66-206ENST00000624272 2479 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.063e-6■■■■■ 88.7
SF3B1O75533 MUS81-207ENST00000529374 1232 ntTSL 521.1■□□□□ 0.973e-9■■■■■ 88.7
SF3B1O75533 MUS81-211ENST00000530111 692 ntTSL 318.75■□□□□ 0.593e-9■■■■■ 88.7
SF3B1O75533 EYA3-206ENST00000471498 1806 ntTSL 1 (best)10.1□□□□□ -0.796e-6■■■■■ 88.7
SF3B1O75533 EYA3-201ENST00000373863 1729 ntTSL 1 (best) BASIC9.85□□□□□ -0.836e-6■■■■■ 88.7
SF3B1O75533 CUL4A-206ENST00000470067 794 ntTSL 29.23□□□□□ -0.934e-6■■■■■ 88.7
SF3B1O75533 FAM13B-201ENST00000033079 5465 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.153e-6■■■■■ 88.7
SF3B1O75533 FAM13B-203ENST00000425075 3098 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.193e-6■■■■■ 88.7
SF3B1O75533 FAM13B-202ENST00000420893 3214 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.563e-6■■■■■ 88.7
SF3B1O75533 CTBP2-206ENST00000460976 603 ntTSL 529.01■■■□□ 2.233e-6■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.583e-6■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 CTBP2-208ENST00000476817 705 ntTSL 322.93■■□□□ 1.263e-6■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.823e-6■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 CTBP2-212ENST00000530884 578 ntTSL 311.71□□□□□ -0.533e-6■■■■■ 88.6
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