Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRQ5

SMCO4, Single-pass membrane and coiled-coil domain-containing protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 59 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMCO4Q9NRQ5 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SMCO4Q9NRQ5 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SMCO4Q9NRQ5 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SMCO4Q9NRQ5 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SMCO4Q9NRQ5 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SMCO4Q9NRQ5 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SMCO4Q9NRQ5 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SMCO4Q9NRQ5 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SMCO4Q9NRQ5 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SMCO4Q9NRQ5 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SMCO4Q9NRQ5 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SMCO4Q9NRQ5 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SMCO4Q9NRQ5 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SMCO4Q9NRQ5 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SMCO4Q9NRQ5 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SMCO4Q9NRQ5 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SMCO4Q9NRQ5 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SMCO4Q9NRQ5 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SMCO4Q9NRQ5 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
SMCO4Q9NRQ5 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMCO4Q9NRQ5 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMCO4Q9NRQ5 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMCO4Q9NRQ5 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMCO4Q9NRQ5 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMCO4Q9NRQ5 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMCO4Q9NRQ5 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMCO4Q9NRQ5 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMCO4Q9NRQ5 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
SMCO4Q9NRQ5 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.6 ms