Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRQ5

SMCO4, Single-pass membrane and coiled-coil domain-containing protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 59 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMCO4Q9NRQ5 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SMCO4Q9NRQ5 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC27.63■■■□□ 2.01
SMCO4Q9NRQ5 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMCO4Q9NRQ5 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SMCO4Q9NRQ5 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SMCO4Q9NRQ5 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SMCO4Q9NRQ5 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SMCO4Q9NRQ5 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SMCO4Q9NRQ5 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
SMCO4Q9NRQ5 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SMCO4Q9NRQ5 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SMCO4Q9NRQ5 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMCO4Q9NRQ5 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SMCO4Q9NRQ5 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SMCO4Q9NRQ5 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMCO4Q9NRQ5 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMCO4Q9NRQ5 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMCO4Q9NRQ5 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SMCO4Q9NRQ5 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMCO4Q9NRQ5 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SMCO4Q9NRQ5 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMCO4Q9NRQ5 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMCO4Q9NRQ5 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMCO4Q9NRQ5 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMCO4Q9NRQ5 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMCO4Q9NRQ5 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMCO4Q9NRQ5 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMCO4Q9NRQ5 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMCO4Q9NRQ5 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMCO4Q9NRQ5 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMCO4Q9NRQ5 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMCO4Q9NRQ5 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SMCO4Q9NRQ5 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMCO4Q9NRQ5 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMCO4Q9NRQ5 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMCO4Q9NRQ5 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMCO4Q9NRQ5 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMCO4Q9NRQ5 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMCO4Q9NRQ5 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SMCO4Q9NRQ5 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMCO4Q9NRQ5 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SMCO4Q9NRQ5 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SMCO4Q9NRQ5 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMCO4Q9NRQ5 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMCO4Q9NRQ5 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMCO4Q9NRQ5 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMCO4Q9NRQ5 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMCO4Q9NRQ5 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMCO4Q9NRQ5 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMCO4Q9NRQ5 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMCO4Q9NRQ5 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMCO4Q9NRQ5 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMCO4Q9NRQ5 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMCO4Q9NRQ5 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SMCO4Q9NRQ5 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SMCO4Q9NRQ5 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
SMCO4Q9NRQ5 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SMCO4Q9NRQ5 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMCO4Q9NRQ5 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMCO4Q9NRQ5 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMCO4Q9NRQ5 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMCO4Q9NRQ5 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMCO4Q9NRQ5 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMCO4Q9NRQ5 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMCO4Q9NRQ5 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMCO4Q9NRQ5 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMCO4Q9NRQ5 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMCO4Q9NRQ5 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMCO4Q9NRQ5 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMCO4Q9NRQ5 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SMCO4Q9NRQ5 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMCO4Q9NRQ5 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMCO4Q9NRQ5 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
SMCO4Q9NRQ5 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SMCO4Q9NRQ5 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SMCO4Q9NRQ5 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SMCO4Q9NRQ5 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SMCO4Q9NRQ5 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SMCO4Q9NRQ5 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMCO4Q9NRQ5 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMCO4Q9NRQ5 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMCO4Q9NRQ5 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMCO4Q9NRQ5 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMCO4Q9NRQ5 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMCO4Q9NRQ5 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMCO4Q9NRQ5 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMCO4Q9NRQ5 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMCO4Q9NRQ5 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMCO4Q9NRQ5 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMCO4Q9NRQ5 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMCO4Q9NRQ5 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMCO4Q9NRQ5 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMCO4Q9NRQ5 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMCO4Q9NRQ5 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMCO4Q9NRQ5 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMCO4Q9NRQ5 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMCO4Q9NRQ5 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMCO4Q9NRQ5 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SMCO4Q9NRQ5 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SMCO4Q9NRQ5 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms