Protein–RNA interactions for Protein: P62684

HERVK_113, Endogenous retrovirus group K member 113 Gag polyprotein, humanhuman

Predictions only

Length 666 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERVK_113P62684 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 YIPF7-201ENST00000332990 937 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 PAX4-201ENST00000338516 1085 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 C1orf159-201ENST00000379319 1097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 CPLX2-202ENST00000393745 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 KNCN-202ENST00000396314 608 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 MRPS25-203ENST00000444840 1281 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 PGAP2-214ENST00000465307 1100 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 LGALS3BP-202ENST00000585407 936 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 AC092634.5-202ENST00000587736 928 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 AC010503.1-201ENST00000596027 520 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 AC244157.2-201ENST00000616239 1006 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 RETN-203ENST00000629642 400 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 ZNF19-208ENST00000565637 2612 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 MYLK2-201ENST00000375985 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 AMBP-201ENST00000265132 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 NMNAT3-201ENST00000296202 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 MCF2L-232ENST00000535094 3752 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 NIPAL3-204ENST00000374399 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 SLC3A2-208ENST00000536981 1486 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 WRAP53-202ENST00000396463 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 WDR6-222ENST00000615452 1949 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 SMURF2-201ENST00000262435 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 TRPC4AP-201ENST00000252015 3226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 MLKL-202ENST00000308807 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 CACNB3-201ENST00000301050 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 PRSS54-201ENST00000219301 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 AC073264.3-201ENST00000636941 2577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 CHRD-201ENST00000204604 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 PLVAP-201ENST00000252590 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 CNGA4-201ENST00000379936 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 ITPA-201ENST00000380113 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 AL662890.1-201ENST00000396818 632 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 ITPA-202ENST00000399838 897 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 MEMO1-204ENST00000407893 682 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 PLAGL1-206ENST00000416623 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 AL157392.3-216ENST00000437446 462 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 CENPBD1P1-203ENST00000479047 569 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 RNF41-210ENST00000552244 716 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 AC104758.2-201ENST00000562716 483 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 CUEDC1-207ENST00000577840 875 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 IFITM3-204ENST00000602735 713 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 LINC00854-216ENST00000636331 718 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 MX1-210ENST00000455164 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 PRPF40B-201ENST00000261897 3602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 SYN1-202ENST00000340666 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 SNRNP27-202ENST00000409116 1339 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 CACFD1-207ENST00000542192 2754 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 FAM181A-201ENST00000267594 1816 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 DIO3OS-208ENST00000556120 2473 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 CAAP1-206ENST00000625311 1532 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 SPDEF-202ENST00000544425 1866 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 KCNC2-207ENST00000548513 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 RHCE-202ENST00000340849 1087 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 PRTFDC1-203ENST00000376378 747 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 EIF3FP3-201ENST00000434851 1086 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 AL162457.2-202ENST00000442888 679 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 AL358393.1-201ENST00000456771 532 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 FOS-206ENST00000555347 1280 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 AC007342.4-201ENST00000566383 584 ntTSL 4 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 PPY2P-201ENST00000582808 702 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 PPY2P-202ENST00000583761 657 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 TMEM14B-220ENST00000612333 888 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 TMEM179-205ENST00000615704 636 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 TUBB3-215ENST00000625617 570 ntTSL 4 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 AC092506.1-204ENST00000634888 1066 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 GRK5-202ENST00000392870 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 ZCCHC18-203ENST00000537356 2907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 ARHGAP9-203ENST00000424809 2569 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 TMEM25-206ENST00000442938 2228 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 ROR2-202ENST00000375715 2993 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 AC100803.3-201ENST00000606664 2961 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 TKT-202ENST00000423516 2075 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 SPATA20-202ENST00000356488 2634 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HERVK_113P62684 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.8 ms