Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 CTSB-221ENST00000531502 557 ntTSL 415.94■□□□□ 0.147e-10■■■■■ 92.9
SF3B1O75533 CTSB-231ENST00000534382 764 ntTSL 415.82■□□□□ 0.127e-10■■■■■ 92.9
SF3B1O75533 CTSB-224ENST00000532392 570 ntTSL 415.82■□□□□ 0.127e-10■■■■■ 92.9
SF3B1O75533 PAK1IP1-201ENST00000379568 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.11e-6■■■■■ 92.9
SF3B1O75533 FTX-216ENST00000638985 1367 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.023e-6■■■■■ 92.9
SF3B1O75533 FTX-211ENST00000603672 1077 ntTSL 514.14□□□□□ -0.153e-6■■■■■ 92.9
SF3B1O75533 CTSB-212ENST00000526645 559 ntTSL 412.07□□□□□ -0.487e-10■■■■■ 92.9
SF3B1O75533 DGUOK-204ENST00000462551 573 ntTSL 211.57□□□□□ -0.561e-6■■■■■ 92.9
SF3B1O75533 FTX-209ENST00000602812 2356 ntTSL 1 (best)10.9□□□□□ -0.663e-6■■■■■ 92.9
SF3B1O75533 FTX-215ENST00000638681 9771 ntTSL 5 BASIC10.16□□□□□ -0.783e-6■■■■■ 92.9
SF3B1O75533 CTSB-205ENST00000505496 540 ntTSL 49.49□□□□□ -0.897e-10■■■■■ 92.9
SF3B1O75533 FTX-206ENST00000602420 751 ntTSL 36.17□□□□□ -1.423e-6■■■■■ 92.9
SF3B1O75533 DGUOK-207ENST00000493055 593 ntTSL 25.86□□□□□ -1.471e-6■■■■■ 92.9
SF3B1O75533 ARHGAP17-219ENST00000575975 681 ntTSL 1 (best)7.67□□□□□ -1.186e-7■■■■■ 92.8
SF3B1O75533 BRD4-201ENST00000263377 7169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.43□□□□□ -0.581e-6■■■■■ 92.8
SF3B1O75533 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.772e-6■■■■■ 92.8
SF3B1O75533 ATF7IP-210ENST00000537653 3563 ntTSL 213.4□□□□□ -0.265e-6■■■■■ 92.8
SF3B1O75533 ATF7IP-221ENST00000543189 4887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.54□□□□□ -0.885e-6■■■■■ 92.8
SF3B1O75533 ATF7IP-201ENST00000261168 8878 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC7.02□□□□□ -1.295e-6■■■■■ 92.8
SF3B1O75533 ATF7IP-209ENST00000536444 8774 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.03□□□□□ -1.65e-6■■■■■ 92.8
SF3B1O75533 KLHDC4-202ENST00000316853 1287 ntTSL 1 (best)19.78■□□□□ 0.762e-6■■■■■ 92.8
SF3B1O75533 KLHDC4-215ENST00000566349 1377 ntTSL 218.7■□□□□ 0.582e-6■■■■■ 92.8
SF3B1O75533 CDK16-208ENST00000517426 1574 ntTSL 520.88■□□□□ 0.931e-7■■■■■ 92.8
SF3B1O75533 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.491e-7■■■■■ 92.8
SF3B1O75533 CDK16-202ENST00000357227 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.231e-7■■■■■ 92.8
SF3B1O75533 CDK16-204ENST00000457458 3158 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.351e-7■■■■■ 92.8
SF3B1O75533 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.044e-6■■■■■ 92.8
SF3B1O75533 TMCO3-202ENST00000434316 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.064e-6■■■■■ 92.8
SF3B1O75533 TMCO3-207ENST00000474393 2843 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.054e-6■■■■■ 92.8
SF3B1O75533 AGAP3-219ENST00000485904 683 ntTSL 321.85■■□□□ 1.092e-6■■■■■ 92.7
SF3B1O75533 CCDC18-AS1-219ENST00000451302 1212 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.065e-8■■■■■ 92.7
SF3B1O75533 CCDC18-AS1-202ENST00000413606 770 ntTSL 39.11□□□□□ -0.955e-8■■■■■ 92.7
SF3B1O75533 CCDC18-AS1-201ENST00000411670 675 ntTSL 58.86□□□□□ -0.995e-8■■■■■ 92.7
SF3B1O75533 CCDC18-AS1-205ENST00000421202 2973 ntTSL 1 (best) BASIC6.06□□□□□ -1.445e-8■■■■■ 92.7
SF3B1O75533 PLEC-210ENST00000527096 13713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.97□□□□□ -0.493e-6■■■■■ 92.7
SF3B1O75533 PLEC-205ENST00000356346 14683 ntTSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.623e-6■■■■■ 92.7
SF3B1O75533 U2AF2-205ENST00000588850 637 ntTSL 216.56■□□□□ 0.242e-7■■■■■ 92.7
SF3B1O75533 U2AF2-203ENST00000587196 778 ntTSL 315.69■□□□□ 0.12e-7■■■■■ 92.7
SF3B1O75533 TPM4-215ENST00000592138 635 ntTSL 210.54□□□□□ -0.721e-6■■■■■ 92.7
SF3B1O75533 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.982e-7■■■■■ 92.7
SF3B1O75533 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.72e-7■■■■■ 92.7
SF3B1O75533 SBF1-201ENST00000348911 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.054e-6■■■■■ 92.6
SF3B1O75533 DVL1-203ENST00000472445 639 ntTSL 219.83■□□□□ 0.773e-6■■■■■ 92.6
SF3B1O75533 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.678e-7■■■■■ 92.6
SF3B1O75533 CXorf40B-206ENST00000483447 808 ntTSL 517.12■□□□□ 0.338e-7■■■■■ 92.6
SF3B1O75533 CXorf40B-204ENST00000370409 1129 ntTSL 516.31■□□□□ 0.28e-7■■■■■ 92.6
SF3B1O75533 CXorf40B-202ENST00000370404 1316 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.148e-7■■■■■ 92.6
SF3B1O75533 CXorf40B-203ENST00000370406 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.28e-7■■■■■ 92.6
SF3B1O75533 PRR12-201ENST00000418929 6955 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.77□□□□□ -0.26e-6■■■■■ 92.6
SF3B1O75533 CXorf40B-201ENST00000355203 1067 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.348e-7■■■■■ 92.6
SF3B1O75533 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.335e-6■■■■■ 92.5
SF3B1O75533 ARHGAP24-203ENST00000395184 4661 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.355e-6■■■■■ 92.5
SF3B1O75533 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.822e-6■■■■■ 92.5
SF3B1O75533 UBE2F-209ENST00000433568 574 ntTSL 421.45■■□□□ 1.025e-7■■■■■ 92.4
SF3B1O75533 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.972e-6■■■■■ 92.4
SF3B1O75533 NSUN2-203ENST00000504374 3217 ntTSL 217.4■□□□□ 0.382e-6■■■■■ 92.4
SF3B1O75533 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.252e-6■■■■■ 92.4
SF3B1O75533 NSUN2-205ENST00000505892 3558 ntTSL 1 (best)7.67□□□□□ -1.182e-6■■■■■ 92.4
SF3B1O75533 NSUN2-209ENST00000514127 614 ntTSL 33.49□□□□□ -1.852e-6■■■■■ 92.4
SF3B1O75533 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.514e-6■■■■■ 92.4
SF3B1O75533 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.384e-6■■■■■ 92.4
SF3B1O75533 SSBP3-215ENST00000533946 431 ntTSL 310.52□□□□□ -0.734e-6■■■■■ 92.4
SF3B1O75533 TANGO2-223ENST00000484373 3109 ntTSL 413.45□□□□□ -0.262e-6■■■■■ 92.4
SF3B1O75533 E4F1-203ENST00000563643 793 ntTSL 320.14■□□□□ 0.819e-8■■■■■ 92.4
SF3B1O75533 MGAT4B-212ENST00000520134 592 ntTSL 324.3■■□□□ 1.487e-7■■■■■ 92.4
SF3B1O75533 MGAT4B-211ENST00000520019 831 ntTSL 324.3■■□□□ 1.487e-7■■■■■ 92.4
SF3B1O75533 MGAT4B-208ENST00000519616 522 ntTSL 523.59■■□□□ 1.377e-7■■■■■ 92.4
SF3B1O75533 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.099e-8■■■■■ 92.4
SF3B1O75533 MGAT4B-203ENST00000518168 1013 ntTSL 220.62■□□□□ 0.897e-7■■■■■ 92.4
SF3B1O75533 MGAT4B-222ENST00000523329 543 ntTSL 318.33■□□□□ 0.537e-7■■■■■ 92.4
SF3B1O75533 MGAT4B-210ENST00000519965 524 ntTSL 314.28□□□□□ -0.127e-7■■■■■ 92.4
SF3B1O75533 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.915e-6■■■■■ 92.3
SF3B1O75533 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.915e-6■■■■■ 92.3
SF3B1O75533 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.915e-6■■■■■ 92.3
SF3B1O75533 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.495e-6■■■■■ 92.3
SF3B1O75533 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.875e-6■■■■■ 92.3
SF3B1O75533 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.825e-6■■■■■ 92.3
SF3B1O75533 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.545e-6■■■■■ 92.3
SF3B1O75533 MED25-207ENST00000595185 760 ntTSL 1 (best)16.53■□□□□ 0.245e-6■■■■■ 92.3
SF3B1O75533 MED25-209ENST00000612791 881 ntTSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.435e-6■■■■■ 92.3
SF3B1O75533 QSOX1-203ENST00000392029 1075 ntTSL 523.8■■□□□ 1.42e-6■■■■■ 92.3
SF3B1O75533 RALBP1-204ENST00000577221 503 ntTSL 39.86□□□□□ -0.832e-6■■■■■ 92.3
SF3B1O75533 PSMC3-202ENST00000524447 935 ntTSL 316.36■□□□□ 0.212e-6■■■■■ 92.3
SF3B1O75533 CTNNA1-211ENST00000518910 572 ntTSL 413.27□□□□□ -0.294e-6■■■■■ 92.3
SF3B1O75533 CTNNA1-215ENST00000519309 869 ntTSL 39.39□□□□□ -0.914e-6■■■■■ 92.3
SF3B1O75533 CTNNA1-219ENST00000520158 719 ntTSL 36.24□□□□□ -1.414e-6■■■■■ 92.3
SF3B1O75533 CTNNA1-209ENST00000518585 568 ntTSL 44.1□□□□□ -1.754e-6■■■■■ 92.3
SF3B1O75533 POM121-202ENST00000395270 7011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.091e-6■■■■■ 92.3
SF3B1O75533 KANSL3-207ENST00000444759 2717 ntTSL 215.17■□□□□ 0.027e-6■■■■■ 92.2
SF3B1O75533 KANSL3-201ENST00000354204 5253 ntTSL 1 (best)10.43□□□□□ -0.747e-6■■■■■ 92.2
SF3B1O75533 KANSL3-206ENST00000431828 5153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.03□□□□□ -0.87e-6■■■■■ 92.2
SF3B1O75533 KANSL3-204ENST00000420155 5028 ntTSL 1 (best)9.85□□□□□ -0.837e-6■■■■■ 92.2
SF3B1O75533 KANSL3-220ENST00000597150 2811 ntTSL 29.25□□□□□ -0.937e-6■■■■■ 92.2
SF3B1O75533 PUS7-204ENST00000481939 2436 ntTSL 517.85■□□□□ 0.458e-7■■■■■ 92.2
SF3B1O75533 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.372e-6■■■■■ 92.2
SF3B1O75533 RNF19A-204ENST00000519342 562 ntTSL 416.83■□□□□ 0.282e-6■■■■■ 92.2
SF3B1O75533 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.128e-7■■■■■ 92.2
SF3B1O75533 PUS7-201ENST00000356362 3480 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.97□□□□□ -0.658e-7■■■■■ 92.2
SF3B1O75533 RNF19A-210ENST00000522369 612 ntTSL 49.17□□□□□ -0.942e-6■■■■■ 92.2
SF3B1O75533 RNF19A-209ENST00000522182 544 ntTSL 49.17□□□□□ -0.942e-6■■■■■ 92.2
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1492.3 ms