Protein–RNA interactions for Protein: O43679

LDB2, LIM domain-binding protein 2, humanhuman

Predictions only

Length 373 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB2O43679 SH3BP4-203ENST00000409212 5231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LDB2O43679 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LDB2O43679 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LDB2O43679 MBD1-217ENST00000588937 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LDB2O43679 CUX1-211ENST00000546411 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LDB2O43679 PPP3CA-207ENST00000512215 4007 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LDB2O43679 TMEM184A-201ENST00000297477 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LDB2O43679 NOX3-201ENST00000159060 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LDB2O43679 TBPL2-201ENST00000247219 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LDB2O43679 BRCC3-201ENST00000330045 2496 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LDB2O43679 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LDB2O43679 FGD5P1-202ENST00000614866 2498 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LDB2O43679 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LDB2O43679 GOLGA6L2-201ENST00000312015 1379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LDB2O43679 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LDB2O43679 NKIRAS1-203ENST00000415901 1644 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 TK2-201ENST00000299697 5114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 CDR2L-201ENST00000337231 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 PXN-201ENST00000228307 3785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 RASA1-201ENST00000274376 3752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 PRX-201ENST00000291825 5502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 EPHB4-201ENST00000358173 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 WNT16-201ENST00000222462 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 FXYD6-201ENST00000260282 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 UPB1-202ENST00000382760 1928 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 KCNG4-202ENST00000568181 2199 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 PRPF3-201ENST00000324862 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 FMNL1-206ENST00000587489 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 ANKRD44-203ENST00000409153 2724 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 ZSCAN10-209ENST00000576985 2739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 DNAJC10-210ENST00000616986 5783 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 PHF19-203ENST00000419155 3525 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 ARIH2-205ENST00000449376 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 PPM1F-202ENST00000397495 1778 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 TC2N-206ENST00000556018 1770 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 TEX30-203ENST00000376022 828 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 SNCA-205ENST00000394991 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 AC104135.1-201ENST00000418001 763 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 GALT-202ENST00000450095 1280 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 CDK2AP2-205ENST00000531506 634 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 ZNF324B-203ENST00000594214 564 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 NUP62-212ENST00000597723 1824 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 TAF11-201ENST00000361288 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 PHLDB1-202ENST00000361417 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 RBFOX3-211ENST00000583458 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 AL158070.2-201ENST00000623713 1621 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 HTR7-201ENST00000277874 3028 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 ARHGEF6-202ENST00000370620 4764 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LDB2O43679 MARCKS-201ENST00000612661 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 DTNB-228ENST00000496972 2328 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 RCOR2-201ENST00000301459 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 ATP2A3-205ENST00000397041 4675 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 FMR1-203ENST00000370470 1774 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 TEN1-CDK3-202ENST00000569284 3287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 NEDD4L-202ENST00000356462 3335 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 KIF18B-204ENST00000593135 2745 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 ABI3-201ENST00000225941 2109 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 HDHD3-201ENST00000238379 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 GFRA2-204ENST00000518077 1503 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 FNDC1-201ENST00000297267 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 CROT-201ENST00000331536 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 PXMP4-202ENST00000344022 989 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 PIN1P1-201ENST00000412108 996 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 RAB34-206ENST00000415040 1293 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 MYCLP2-201ENST00000449268 967 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 ELK1P1-201ENST00000485699 580 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 LINC01663-201ENST00000614596 535 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 AC092506.1-204ENST00000634888 1066 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 COX10-201ENST00000261643 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 CCHCR1-208ENST00000451521 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 ZNF586-201ENST00000391702 2265 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 ODF3-201ENST00000325113 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LDB2O43679 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms