RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000359947.8

PTPRF-201, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRF, Length 7,727 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-201ENST00000359947 DCAF8L2P0C7V8 631 aa27.88■■■□□ 2.05
PTPRF-201ENST00000359947 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP25.88■■□□□ 1.73
PTPRF-201ENST00000359947 EHMT2Q96KQ7 1210 aa25.68■■□□□ 1.7
PTPRF-201ENST00000359947 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa25.48■■□□□ 1.67
PTPRF-201ENST00000359947 NISCHQ9Y2I1 1504 aa24.98■■□□□ 1.59
PTPRF-201ENST00000359947 APLP2Q06481 763 aa24.73■■□□□ 1.55
PTPRF-201ENST00000359947 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP24.69■■□□□ 1.54
PTPRF-201ENST00000359947 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP24.61■■□□□ 1.53
PTPRF-201ENST00000359947 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP24.56■■□□□ 1.52
PTPRF-201ENST00000359947 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP24.34■■□□□ 1.49
PTPRF-201ENST00000359947 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP24.2■■□□□ 1.47
PTPRF-201ENST00000359947 PCGF6Q9BYE7 350 aa23.99■■□□□ 1.43
PTPRF-201ENST00000359947 TRIM41Q8WV44 630 aa23.79■■□□□ 1.4
PTPRF-201ENST00000359947 UBTFP17480 764 aaKnown RBP23.77■■□□□ 1.4
PTPRF-201ENST00000359947 MYT1LQ9UL68 1186 aa23.63■■□□□ 1.37
PTPRF-201ENST00000359947 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP23.61■■□□□ 1.37
PTPRF-201ENST00000359947 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP23.48■■□□□ 1.35
PTPRF-201ENST00000359947 ERICH6Q7L0X2 663 aa23.48■■□□□ 1.35
PTPRF-201ENST00000359947 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP23.45■■□□□ 1.34
PTPRF-201ENST00000359947 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP23.45■■□□□ 1.34
PTPRF-201ENST00000359947 CHIC1Q5VXU3 224 aa23.42■■□□□ 1.34
PTPRF-201ENST00000359947 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP23.27■■□□□ 1.32
PTPRF-201ENST00000359947 ITGAEP38570 1179 aa23.25■■□□□ 1.31
PTPRF-201ENST00000359947 POLR3GLQ9BT43 218 aa23.25■■□□□ 1.31
PTPRF-201ENST00000359947 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP23.22■■□□□ 1.31
PTPRF-201ENST00000359947 CNGB1Q14028 1251 aaPredicted RBP23.14■■□□□ 1.29
PTPRF-201ENST00000359947 NEFLP07196 543 aa23.08■■□□□ 1.28
PTPRF-201ENST00000359947 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP23.06■■□□□ 1.28
PTPRF-201ENST00000359947 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP23■■□□□ 1.27
PTPRF-201ENST00000359947 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP22.7■■□□□ 1.23
PTPRF-201ENST00000359947 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa22.63■■□□□ 1.21
PTPRF-201ENST00000359947 DAXXQ9UER7 740 aaPredicted RBP22.62■■□□□ 1.21
PTPRF-201ENST00000359947 FBLN2P98095 1184 aa22.58■■□□□ 1.21
PTPRF-201ENST00000359947 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP22.51■■□□□ 1.19
PTPRF-201ENST00000359947 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP22.5■■□□□ 1.19
PTPRF-201ENST00000359947 ABCC9O60706 1549 aa22.49■■□□□ 1.19
PTPRF-201ENST00000359947 MYT1Q01538 1121 aa22.44■■□□□ 1.18
PTPRF-201ENST00000359947 TRIM52Q96A61 297 aa22.44■■□□□ 1.18
PTPRF-201ENST00000359947 BCANQ96GW7 911 aa22.33■■□□□ 1.17
PTPRF-201ENST00000359947 SLC24A1O60721 1099 aa22.33■■□□□ 1.17
PTPRF-201ENST00000359947 CLSPNQ9HAW4 1339 aa22.31■■□□□ 1.16
PTPRF-201ENST00000359947 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP22.31■■□□□ 1.16
PTPRF-201ENST00000359947 ARID3CA6NKF2 412 aa22.28■■□□□ 1.16
PTPRF-201ENST00000359947 NEUROD1Q13562 356 aa22.28■■□□□ 1.16
PTPRF-201ENST00000359947 PLPPR3Q6T4P5 718 aa22.23■■□□□ 1.15
PTPRF-201ENST00000359947 BCL11AQ9H165 835 aa22.23■■□□□ 1.15
PTPRF-201ENST00000359947 HRCP23327 699 aa22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-201ENST00000359947 P3H3Q8IVL6 736 aa22.09■■□□□ 1.13
PTPRF-201ENST00000359947 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP22.08■■□□□ 1.13
PTPRF-201ENST00000359947 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP21.98■■□□□ 1.11
PTPRF-201ENST00000359947 ZBTB47Q9UFB7 747 aaPredicted RBP21.92■■□□□ 1.1
PTPRF-201ENST00000359947 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP21.9■■□□□ 1.1
PTPRF-201ENST00000359947 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP21.87■■□□□ 1.09
PTPRF-201ENST00000359947 CANXP27824 592 aaKnown RBP21.81■■□□□ 1.08
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PTPRF-201ENST00000359947 STAG3Q9UJ98 1225 aa21.78■■□□□ 1.08
PTPRF-201ENST00000359947 NEFMP07197 916 aa21.78■■□□□ 1.08
PTPRF-201ENST00000359947 RTL5Q5HYW3 569 aaPredicted RBP21.76■■□□□ 1.07
PTPRF-201ENST00000359947 ANP32CO43423 234 aa21.73■■□□□ 1.07
PTPRF-201ENST00000359947 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP21.65■■□□□ 1.06
PTPRF-201ENST00000359947 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP21.59■■□□□ 1.05
PTPRF-201ENST00000359947 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP21.59■■□□□ 1.05
PTPRF-201ENST00000359947 PLEKHG5O94827 1062 aa21.56■■□□□ 1.04
PTPRF-201ENST00000359947 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP21.53■■□□□ 1.04
PTPRF-201ENST00000359947 A0A0G2JS52 829 aa21.53■■□□□ 1.04
PTPRF-201ENST00000359947 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP21.52■■□□□ 1.04
PTPRF-201ENST00000359947 CSRNP3Q8WYN3 585 aa21.4■■□□□ 1.02
PTPRF-201ENST00000359947 CHIC2Q9UKJ5 165 aa21.38■■□□□ 1.01
PTPRF-201ENST00000359947 SALL2Q9Y467 1007 aaPredicted RBP21.37■■□□□ 1.01
PTPRF-201ENST00000359947 ZBTB7CA1YPR0 619 aa21.37■■□□□ 1.01
PTPRF-201ENST00000359947 SCRIBQ14160 1630 aa21.35■■□□□ 1.01
PTPRF-201ENST00000359947 NPM2Q86SE8 214 aaKnown RBP21.31■■□□□ 1
PTPRF-201ENST00000359947 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa21.28■■□□□ 1
PTPRF-201ENST00000359947 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP21.26■□□□□ 0.99
PTPRF-201ENST00000359947 KDM2AQ9Y2K7 1162 aa21.26■□□□□ 0.99
PTPRF-201ENST00000359947 C14orf37Q86TY3 774 aa21.26■□□□□ 0.99
PTPRF-201ENST00000359947 KCNH8Q96L42 1107 aa21.22■□□□□ 0.99
PTPRF-201ENST00000359947 TONSLQ96HA7 1378 aa21.19■□□□□ 0.98
PTPRF-201ENST00000359947 FAM9BQ8IZU0 186 aa21.18■□□□□ 0.98
PTPRF-201ENST00000359947 HSP90AA1P07900 732 aaKnown RBP21.16■□□□□ 0.98
PTPRF-201ENST00000359947 ARID4BQ4LE39 1312 aaPredicted RBP21.16■□□□□ 0.98
PTPRF-201ENST00000359947 TSPY4P0CV99 314 aa21.11■□□□□ 0.97
PTPRF-201ENST00000359947 TSPY10P0CW01 314 aa21.11■□□□□ 0.97
PTPRF-201ENST00000359947 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP21.1■□□□□ 0.97
PTPRF-201ENST00000359947 HAP1P54257 671 aaPredicted RBP21.07■□□□□ 0.96
PTPRF-201ENST00000359947 ANP32AP39687 249 aaKnown RBP21.07■□□□□ 0.96
PTPRF-201ENST00000359947 DDX10Q13206 875 aaKnown RBP21.06■□□□□ 0.96
PTPRF-201ENST00000359947 HNRNPUQ00839 825 aaKnown RBP eCLIP21.04■□□□□ 0.96
PTPRF-201ENST00000359947 ARXQ96QS3 562 aa21.02■□□□□ 0.95
PTPRF-201ENST00000359947 TMC1Q8TDI8 760 aa21.01■□□□□ 0.95
PTPRF-201ENST00000359947 WDR43Q15061 677 aaKnown RBP eCLIP21■□□□□ 0.954e-6■□□□□ 8.9
PTPRF-201ENST00000359947 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP20.97■□□□□ 0.95
PTPRF-201ENST00000359947 MTUS2Q5JR59 1369 aa20.95■□□□□ 0.94
PTPRF-201ENST00000359947 FKBP8Q14318 412 aa20.95■□□□□ 0.94
PTPRF-201ENST00000359947 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa20.94■□□□□ 0.94
PTPRF-201ENST00000359947 UPF2Q9HAU5 1272 aaKnown RBP20.93■□□□□ 0.94
PTPRF-201ENST00000359947 RGL3Q3MIN7 710 aa20.91■□□□□ 0.94
PTPRF-201ENST00000359947 TRHP20396 242 aaPredicted RBP20.9■□□□□ 0.94
PTPRF-201ENST00000359947 LMOD2Q6P5Q4 547 aa20.9■□□□□ 0.94
PTPRF-201ENST00000359947 PPM1GO15355 546 aaPredicted RBP20.87■□□□□ 0.93
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