Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 ACADM-215ENST00000532509 825 ntTSL 516.04■□□□□ 0.163e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 ACADM-213ENST00000530953 508 ntTSL 515.54■□□□□ 0.083e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 SS18-222ENST00000582792 531 ntTSL 515.05■□□□□ -04e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 SS18-204ENST00000539244 977 ntTSL 1 (best)15.04■□□□□ -04e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 SS18-201ENST00000269137 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.044e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 ACADM-218ENST00000541113 2535 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.093e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 ACADM-202ENST00000370841 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.13e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 SS18-219ENST00000581570 571 ntTSL 514.18□□□□□ -0.144e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 ACADM-201ENST00000370834 2172 ntTSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.23e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 SS18-202ENST00000269138 1548 ntTSL 213.78□□□□□ -0.24e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 CHERP-207ENST00000600432 554 ntTSL 313.7□□□□□ -0.223e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 SS18-225ENST00000585121 1545 ntTSL 213.58□□□□□ -0.244e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 ACADM-208ENST00000526129 1536 ntTSL 212.53□□□□□ -0.43e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 SS18-213ENST00000579640 1840 ntTSL 211.47□□□□□ -0.574e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 SS18-207ENST00000577636 580 ntTSL 310.85□□□□□ -0.674e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 SS18-210ENST00000578700 575 ntTSL 510.85□□□□□ -0.674e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 SS18-221ENST00000582448 585 ntTSL 510.85□□□□□ -0.674e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 SS18-205ENST00000542420 2321 ntTSL 2 BASIC10.3□□□□□ -0.764e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 SS18-203ENST00000415083 3414 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.794e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 ACADM-217ENST00000534334 1149 ntTSL 1 (best)9.82□□□□□ -0.843e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 ACADM-206ENST00000525808 1422 ntTSL 24.06□□□□□ -1.763e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 ACADM-203ENST00000420607 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC3.99□□□□□ -1.773e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 ACADM-209ENST00000526196 1451 ntTSL 1 (best)3.73□□□□□ -1.813e-6■■■■■ 96
SF3B1O75533 NDUFS7-220ENST00000622587 802 ntTSL 520.07■□□□□ 0.81e-6■■■■■ 95.9
SF3B1O75533 NDUFS7-212ENST00000540530 1707 ntTSL 219.3■□□□□ 0.681e-6■■■■■ 95.9
SF3B1O75533 NDUFS7-207ENST00000538523 931 ntTSL 219.02■□□□□ 0.641e-6■■■■■ 95.9
SF3B1O75533 NDUFS7-209ENST00000538929 630 ntTSL 416.22■□□□□ 0.191e-6■■■■■ 95.9
SF3B1O75533 NDUFS7-206ENST00000535382 3050 ntTSL 214.55□□□□□ -0.081e-6■■■■■ 95.9
SF3B1O75533 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.575e-6■■■■■ 95.9
SF3B1O75533 DHCR7-205ENST00000526780 968 ntTSL 218.74■□□□□ 0.596e-8■■■■■ 95.8
SF3B1O75533 ARID1B-232ENST00000637904 5913 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.75□□□□□ -0.692e-6■■■■■ 95.8
SF3B1O75533 ARID1B-210ENST00000635849 5830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.65□□□□□ -0.712e-6■■■■■ 95.8
SF3B1O75533 DENND4B-202ENST00000368646 3781 ntAPPRIS ALT2 TSL 513.86□□□□□ -0.193e-6■■■■■ 95.8
SF3B1O75533 TMEM131L-201ENST00000240487 4299 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)7.16□□□□□ -1.264e-6■■■■■ 95.8
SF3B1O75533 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.632e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.532e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 WIPI2-206ENST00000466014 1700 ntTSL 1 (best)24.23■■□□□ 1.472e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.892e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.412e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 AP4B1-212ENST00000484201 981 ntTSL 519.58■□□□□ 0.731e-7■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 PHGDH-231ENST00000641939 540 nt16.44■□□□□ 0.222e-8■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 AP4B1-204ENST00000369569 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.211e-7■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 AP4B1-201ENST00000256658 2742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.081e-7■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 MAN2A2-230ENST00000561448 1443 ntTSL 212.46□□□□□ -0.421e-7■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 AP4B1-203ENST00000369567 2144 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.511e-7■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 SRBD1-203ENST00000475073 567 ntTSL 43.78□□□□□ -1.83e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 BDP1-204ENST00000508917 7194 ntTSL 1 (best)12.83□□□□□ -0.363e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 KLHL18-205ENST00000461084 3206 ntTSL 211.27□□□□□ -0.62e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 SBF1-202ENST00000380817 8008 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.055e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.354e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.044e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 ATAD3A-204ENST00000400830 603 ntTSL 519.35■□□□□ 0.694e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.444e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 ATAD3A-201ENST00000339113 2330 ntTSL 217.67■□□□□ 0.424e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 PCCB-219ENST00000494742 547 ntTSL 416.22■□□□□ 0.192e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 PCCB-206ENST00000465423 582 ntTSL 415.49■□□□□ 0.072e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 USP19-203ENST00000398892 4622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.037e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 USP19-207ENST00000434032 4677 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.237e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 USP19-208ENST00000453664 4719 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.61□□□□□ -0.237e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 USP19-206ENST00000417901 4706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.267e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 USP19-202ENST00000398888 4559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.297e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 PCCB-203ENST00000462542 488 ntTSL 312.98□□□□□ -0.332e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 PCCB-205ENST00000465176 570 ntTSL 510.97□□□□□ -0.652e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 PCCB-202ENST00000459873 534 ntTSL 49.93□□□□□ -0.822e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 PPIH-203ENST00000372550 665 ntTSL 1 (best) BASIC9.37□□□□□ -0.912e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 PPIH-201ENST00000304979 752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.92□□□□□ -0.982e-6■■■■■ 95.7
SF3B1O75533 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.51e-6■■■■■ 95.6
SF3B1O75533 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.854e-6■■■■■ 95.6
SF3B1O75533 CYSTM1-204ENST00000509789 813 ntTSL 414.82□□□□□ -0.044e-6■■■■■ 95.6
SF3B1O75533 CYSTM1-202ENST00000504227 588 ntTSL 514.82□□□□□ -0.044e-6■■■■■ 95.6
SF3B1O75533 CYSTM1-203ENST00000509589 665 ntTSL 311.4□□□□□ -0.584e-6■■■■■ 95.6
SF3B1O75533 TCF3-219ENST00000610756 1343 ntTSL 1 (best)21.1■□□□□ 0.971e-6■■■■■ 95.6
SF3B1O75533 GCFC2-204ENST00000442309 642 ntTSL 522.91■■□□□ 1.266e-7■■■■■ 95.6
SF3B1O75533 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.026e-7■■■■■ 95.6
SF3B1O75533 GCFC2-208ENST00000472230 2265 ntTSL 218.98■□□□□ 0.636e-7■■■■■ 95.6
SF3B1O75533 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.436e-7■■■■■ 95.6
SF3B1O75533 GCFC2-201ENST00000321027 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.066e-7■■■■■ 95.6
SF3B1O75533 PRKACB-205ENST00000370688 1905 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.076e-7■■■■■ 95.6
SF3B1O75533 GCFC2-211ENST00000541687 4318 ntTSL 2 BASIC14.44□□□□□ -0.16e-7■■■■■ 95.6
SF3B1O75533 PRKACB-206ENST00000370689 4513 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.07□□□□□ -0.486e-7■■■■■ 95.6
SF3B1O75533 HELLS-204ENST00000371332 2675 ntTSL 5 BASIC4.66□□□□□ -1.666e-7■■■■■ 95.6
SF3B1O75533 HELLS-201ENST00000239026 2740 ntTSL 5 BASIC2.54□□□□□ -26e-7■■■■■ 95.6
SF3B1O75533 TRAK1-203ENST00000396175 5033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.066e-6■■■■■ 95.5
SF3B1O75533 TTC7B-201ENST00000328459 19458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.06□□□□□ -1.124e-6■■■■■ 95.5
SF3B1O75533 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.252e-6■■■■■ 95.4
SF3B1O75533 TRPM4-210ENST00000598691 594 ntTSL 522.14■■□□□ 1.143e-6■■■■■ 95.4
SF3B1O75533 MBNL2-206ENST00000469707 2574 ntTSL 1 (best)8.32□□□□□ -1.085e-6■■■■■ 95.4
SF3B1O75533 CPNE1-225ENST00000483495 1853 ntTSL 513.73□□□□□ -0.213e-6■■■■■ 95.3
SF3B1O75533 TMBIM1-217ENST00000453281 534 ntTSL 214.53□□□□□ -0.083e-7■■■■■ 95.3
SF3B1O75533 TMEM50B-204ENST00000442441 982 ntTSL 1 (best)22.69■■□□□ 1.222e-6■■■■■ 95.3
SF3B1O75533 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.432e-6■■■■■ 95.3
SF3B1O75533 TMEM50B-201ENST00000420455 3062 ntTSL 1 (best)13.96□□□□□ -0.182e-6■■■■■ 95.3
SF3B1O75533 CDK16-211ENST00000518022 2022 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.071e-7■■■■■ 95.3
SF3B1O75533 CDK16-201ENST00000276052 3016 ntTSL 2 BASIC13.33□□□□□ -0.281e-7■■■■■ 95.3
SF3B1O75533 CDK16-203ENST00000428400 3016 ntTSL 212.24□□□□□ -0.451e-7■■■■■ 95.3
SF3B1O75533 ATP11A-201ENST00000375630 8768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.313e-6■■■■■ 95.3
SF3B1O75533 ATP11A-202ENST00000375645 8795 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.72□□□□□ -0.373e-6■■■■■ 95.3
SF3B1O75533 ATP11A-212ENST00000487903 8858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC10.91□□□□□ -0.663e-6■■■■■ 95.3
SF3B1O75533 GAS6-205ENST00000610073 2169 ntTSL 220.79■□□□□ 0.922e-6■■■■■ 95.3
SF3B1O75533 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.33e-7■■■■■ 95.3
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1713.8 ms