Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC26.89■■□□□ 1.9
TRERF1Q96PN7 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
TRERF1Q96PN7 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
TRERF1Q96PN7 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
TRERF1Q96PN7 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC26.82■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRERF1Q96PN7 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
TRERF1Q96PN7 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55 ms