Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC27.53■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC27.53■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
LIMCH1Q9UPQ0 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIMCH1Q9UPQ0 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC27.45■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC27.42■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC27.42■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms