Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY93

DDX56, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX56Q9NY93 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
DDX56Q9NY93 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
DDX56Q9NY93 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
DDX56Q9NY93 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.2 ms