Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 COQ8B-201ENST00000243583 2041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 PRMT5-203ENST00000397440 1907 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 TLE3-212ENST00000558201 2766 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 PRKCSH-205ENST00000587327 2189 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 TBC1D16-209ENST00000576768 6342 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 WNT10B-203ENST00000407467 1802 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 MAP3K20-203ENST00000409176 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ELFN2-207ENST00000613079 8360 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 COL11A2-203ENST00000374708 6209 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SOD1-201ENST00000270142 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 EIF1AX-201ENST00000379593 765 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AKIP1-204ENST00000396648 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 TPM1-207ENST00000403994 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 RALY-AS1-203ENST00000440595 660 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ASF1B-202ENST00000474890 765 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ATF7-204ENST00000548118 774 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 PAM16-204ENST00000571941 674 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AL158212.4-201ENST00000624062 1286 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AL160035.1-201ENST00000637583 576 ntTSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CNGB1-201ENST00000251102 5641 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 MAGEA2B-201ENST00000331220 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SPAG9-222ENST00000618113 8246 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 PITX2-204ENST00000394595 1693 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 FBXO18-203ENST00000397269 3640 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 NBL1-211ENST00000618761 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 UBXN2B-201ENST00000399598 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 PRDM5-202ENST00000394435 2492 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SEC63-201ENST00000369002 6411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 TMTC1-206ENST00000551659 4228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SRCIN1-215ENST00000621492 4644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PAAF1-207ENST00000536003 1639 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 BX088651.4-201ENST00000435586 2579 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CHFR-203ENST00000432561 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 GPAT3-208ENST00000611707 2633 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 G6PD-203ENST00000393564 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CHRDL1-204ENST00000444321 1658 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ZCCHC3-201ENST00000500893 3354 ntAPPRIS P1 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 MMRN2-201ENST00000372027 4375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 LDLRAD1-201ENST00000371360 785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 UCHL3-201ENST00000377595 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 MIR648-201ENST00000385046 94 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 RPL28-204ENST00000431533 590 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC099754.1-201ENST00000435884 454 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC017116.1-201ENST00000445938 708 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CACNA2D4-208ENST00000538027 952 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TSPAN11-204ENST00000546076 1058 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 RPL28-206ENST00000558752 671 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SLC38A7-207ENST00000564391 731 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TMEM170A-203ENST00000566980 547 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 OTULIN-201ENST00000284274 7800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 IPPK-201ENST00000287996 4401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 FAM184A-214ENST00000621231 4048 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL2-201ENST00000342907 4450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78.8 ms