Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

Predictions only

Length 438 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CLN3Q13286 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLN3Q13286 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLN3Q13286 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CLN3Q13286 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLN3Q13286 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CLN3Q13286 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
CLN3Q13286 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLN3Q13286 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLN3Q13286 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.9 ms