Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SDC3O75056 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SDC3O75056 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SDC3O75056 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SDC3O75056 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SDC3O75056 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SDC3O75056 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SDC3O75056 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
SDC3O75056 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
SDC3O75056 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
SDC3O75056 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SDC3O75056 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SDC3O75056 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SDC3O75056 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SDC3O75056 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SDC3O75056 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SDC3O75056 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
SDC3O75056 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SDC3O75056 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SDC3O75056 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SDC3O75056 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SDC3O75056 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SDC3O75056 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SDC3O75056 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SDC3O75056 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
SDC3O75056 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SDC3O75056 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SDC3O75056 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
SDC3O75056 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SDC3O75056 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SDC3O75056 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SDC3O75056 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SDC3O75056 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SDC3O75056 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SDC3O75056 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SDC3O75056 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SDC3O75056 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SDC3O75056 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SDC3O75056 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDC3O75056 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDC3O75056 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDC3O75056 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDC3O75056 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDC3O75056 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDC3O75056 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDC3O75056 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDC3O75056 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SDC3O75056 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SDC3O75056 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SDC3O75056 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SDC3O75056 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SDC3O75056 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SDC3O75056 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SDC3O75056 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SDC3O75056 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SDC3O75056 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SDC3O75056 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
SDC3O75056 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SDC3O75056 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SDC3O75056 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SDC3O75056 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SDC3O75056 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
SDC3O75056 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SDC3O75056 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SDC3O75056 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SDC3O75056 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SDC3O75056 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SDC3O75056 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SDC3O75056 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SDC3O75056 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
SDC3O75056 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
SDC3O75056 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SDC3O75056 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SDC3O75056 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
SDC3O75056 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SDC3O75056 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
SDC3O75056 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SDC3O75056 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDC3O75056 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDC3O75056 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDC3O75056 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDC3O75056 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDC3O75056 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDC3O75056 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDC3O75056 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDC3O75056 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SDC3O75056 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
SDC3O75056 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SDC3O75056 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SDC3O75056 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SDC3O75056 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SDC3O75056 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SDC3O75056 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SDC3O75056 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SDC3O75056 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SDC3O75056 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SDC3O75056 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SDC3O75056 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SDC3O75056 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SDC3O75056 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms