Protein–RNA interactions for Protein: Q9UI33

SCN11A, Sodium channel protein type 11 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,791 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN11AQ9UI33 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC38.19■■■■□ 3.7
SCN11AQ9UI33 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC38.19■■■■□ 3.7
SCN11AQ9UI33 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC38.18■■■■□ 3.7
SCN11AQ9UI33 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC38.18■■■■□ 3.7
SCN11AQ9UI33 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.18■■■■□ 3.7
SCN11AQ9UI33 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.12■■■■□ 3.69
SCN11AQ9UI33 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.07■■■■□ 3.69
SCN11AQ9UI33 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC38.05■■■■□ 3.68
SCN11AQ9UI33 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC38.04■■■■□ 3.68
SCN11AQ9UI33 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.02■■■■□ 3.68
SCN11AQ9UI33 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC38.02■■■■□ 3.68
SCN11AQ9UI33 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC38.01■■■■□ 3.68
SCN11AQ9UI33 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC37.98■■■■□ 3.67
SCN11AQ9UI33 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC37.98■■■■□ 3.67
SCN11AQ9UI33 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC37.97■■■■□ 3.67
SCN11AQ9UI33 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC37.96■■■■□ 3.67
SCN11AQ9UI33 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.94■■■■□ 3.66
SCN11AQ9UI33 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.94■■■■□ 3.66
SCN11AQ9UI33 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
SCN11AQ9UI33 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
SCN11AQ9UI33 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC37.93■■■■□ 3.66
SCN11AQ9UI33 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC37.92■■■■□ 3.66
SCN11AQ9UI33 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.91■■■■□ 3.66
SCN11AQ9UI33 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC37.81■■■■□ 3.64
SCN11AQ9UI33 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.8■■■■□ 3.64
SCN11AQ9UI33 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC37.73■■■■□ 3.63
SCN11AQ9UI33 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC37.69■■■■□ 3.62
SCN11AQ9UI33 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC37.68■■■■□ 3.62
SCN11AQ9UI33 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC37.67■■■■□ 3.62
SCN11AQ9UI33 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC37.66■■■■□ 3.62
SCN11AQ9UI33 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC37.65■■■■□ 3.62
SCN11AQ9UI33 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.64■■■■□ 3.62
SCN11AQ9UI33 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC37.62■■■■□ 3.61
SCN11AQ9UI33 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
SCN11AQ9UI33 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.6■■■■□ 3.61
SCN11AQ9UI33 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.6■■■■□ 3.61
SCN11AQ9UI33 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.58■■■■□ 3.61
SCN11AQ9UI33 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.57■■■■□ 3.6
SCN11AQ9UI33 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC37.57■■■■□ 3.6
SCN11AQ9UI33 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.54■■■■□ 3.6
SCN11AQ9UI33 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC37.51■■■■□ 3.6
SCN11AQ9UI33 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.49■■■■□ 3.59
SCN11AQ9UI33 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC37.49■■■■□ 3.59
SCN11AQ9UI33 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC37.48■■■■□ 3.59
SCN11AQ9UI33 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC37.46■■■■□ 3.59
SCN11AQ9UI33 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.46■■■■□ 3.59
SCN11AQ9UI33 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC37.45■■■■□ 3.58
SCN11AQ9UI33 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC37.4■■■■□ 3.58
SCN11AQ9UI33 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC37.37■■■■□ 3.57
SCN11AQ9UI33 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.35■■■■□ 3.57
SCN11AQ9UI33 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC37.34■■■■□ 3.57
SCN11AQ9UI33 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC37.34■■■■□ 3.57
SCN11AQ9UI33 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC37.34■■■■□ 3.57
SCN11AQ9UI33 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC37.25■■■■□ 3.55
SCN11AQ9UI33 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC37.25■■■■□ 3.55
SCN11AQ9UI33 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.24■■■■□ 3.55
SCN11AQ9UI33 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC37.23■■■■□ 3.55
SCN11AQ9UI33 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC37.23■■■■□ 3.55
SCN11AQ9UI33 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC37.23■■■■□ 3.55
SCN11AQ9UI33 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
SCN11AQ9UI33 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
SCN11AQ9UI33 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC37.22■■■■□ 3.55
SCN11AQ9UI33 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC37.21■■■■□ 3.55
SCN11AQ9UI33 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC37.19■■■■□ 3.54
SCN11AQ9UI33 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC37.19■■■■□ 3.54
SCN11AQ9UI33 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC37.19■■■■□ 3.54
SCN11AQ9UI33 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC37.18■■■■□ 3.54
SCN11AQ9UI33 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.18■■■■□ 3.54
SCN11AQ9UI33 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC37.18■■■■□ 3.54
SCN11AQ9UI33 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC37.15■■■■□ 3.54
SCN11AQ9UI33 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC37.14■■■■□ 3.54
SCN11AQ9UI33 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.13■■■■□ 3.53
SCN11AQ9UI33 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.12■■■■□ 3.53
SCN11AQ9UI33 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC37.09■■■■□ 3.53
SCN11AQ9UI33 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.03■■■■□ 3.52
SCN11AQ9UI33 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.52
SCN11AQ9UI33 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
SCN11AQ9UI33 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC36.99■■■■□ 3.51
SCN11AQ9UI33 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.97■■■■□ 3.51
SCN11AQ9UI33 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.97■■■■□ 3.51
SCN11AQ9UI33 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
SCN11AQ9UI33 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
SCN11AQ9UI33 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC36.95■■■■□ 3.51
SCN11AQ9UI33 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.94■■■■□ 3.5
SCN11AQ9UI33 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.91■■■■□ 3.5
SCN11AQ9UI33 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.9■■■■□ 3.5
SCN11AQ9UI33 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.86■■■■□ 3.49
SCN11AQ9UI33 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC36.82■■■■□ 3.48
SCN11AQ9UI33 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC36.81■■■■□ 3.48
SCN11AQ9UI33 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.79■■■■□ 3.48
SCN11AQ9UI33 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.79■■■■□ 3.48
SCN11AQ9UI33 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC36.79■■■■□ 3.48
SCN11AQ9UI33 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.79■■■■□ 3.48
SCN11AQ9UI33 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
SCN11AQ9UI33 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC36.77■■■■□ 3.48
SCN11AQ9UI33 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.75■■■■□ 3.47
SCN11AQ9UI33 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC36.74■■■■□ 3.47
SCN11AQ9UI33 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
SCN11AQ9UI33 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
SCN11AQ9UI33 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.6 ms