Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHC9

NPC1L1, Niemann-Pick C1-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,359 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPC1L1Q9UHC9 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC39.51■■■■□ 3.92
NPC1L1Q9UHC9 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC39.48■■■■□ 3.91
NPC1L1Q9UHC9 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.43■■■■□ 3.9
NPC1L1Q9UHC9 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.4■■■■□ 3.9
NPC1L1Q9UHC9 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC39.33■■■■□ 3.89
NPC1L1Q9UHC9 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC39.32■■■■□ 3.88
NPC1L1Q9UHC9 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.29■■■■□ 3.88
NPC1L1Q9UHC9 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.28■■■■□ 3.88
NPC1L1Q9UHC9 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.25■■■■□ 3.87
NPC1L1Q9UHC9 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC39.24■■■■□ 3.87
NPC1L1Q9UHC9 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC39.23■■■■□ 3.87
NPC1L1Q9UHC9 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC39.23■■■■□ 3.87
NPC1L1Q9UHC9 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.21■■■■□ 3.87
NPC1L1Q9UHC9 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.18■■■■□ 3.86
NPC1L1Q9UHC9 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC39.17■■■■□ 3.86
NPC1L1Q9UHC9 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC39.13■■■■□ 3.85
NPC1L1Q9UHC9 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.13■■■■□ 3.85
NPC1L1Q9UHC9 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC39.13■■■■□ 3.85
NPC1L1Q9UHC9 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.12■■■■□ 3.85
NPC1L1Q9UHC9 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC39.12■■■■□ 3.85
NPC1L1Q9UHC9 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.1■■■■□ 3.85
NPC1L1Q9UHC9 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC39.09■■■■□ 3.85
NPC1L1Q9UHC9 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC39.08■■■■□ 3.85
NPC1L1Q9UHC9 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.08■■■■□ 3.85
NPC1L1Q9UHC9 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC39.07■■■■□ 3.84
NPC1L1Q9UHC9 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.04■■■■□ 3.84
NPC1L1Q9UHC9 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.03■■■■□ 3.84
NPC1L1Q9UHC9 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.03■■■■□ 3.84
NPC1L1Q9UHC9 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39■■■■□ 3.83
NPC1L1Q9UHC9 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC38.99■■■■□ 3.83
NPC1L1Q9UHC9 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC38.98■■■■□ 3.83
NPC1L1Q9UHC9 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.98■■■■□ 3.83
NPC1L1Q9UHC9 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC38.98■■■■□ 3.83
NPC1L1Q9UHC9 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.97■■■■□ 3.83
NPC1L1Q9UHC9 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC38.94■■■■□ 3.82
NPC1L1Q9UHC9 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.93■■■■□ 3.82
NPC1L1Q9UHC9 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.91■■■■□ 3.82
NPC1L1Q9UHC9 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC38.91■■■■□ 3.82
NPC1L1Q9UHC9 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC38.83■■■■□ 3.81
NPC1L1Q9UHC9 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC38.82■■■■□ 3.8
NPC1L1Q9UHC9 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC38.76■■■■□ 3.8
NPC1L1Q9UHC9 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC38.76■■■■□ 3.8
NPC1L1Q9UHC9 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC38.74■■■■□ 3.79
NPC1L1Q9UHC9 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC38.73■■■■□ 3.79
NPC1L1Q9UHC9 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.72■■■■□ 3.79
NPC1L1Q9UHC9 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.72■■■■□ 3.79
NPC1L1Q9UHC9 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC38.7■■■■□ 3.78
NPC1L1Q9UHC9 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.67■■■■□ 3.78
NPC1L1Q9UHC9 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.64■■■■□ 3.78
NPC1L1Q9UHC9 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.63■■■■□ 3.77
NPC1L1Q9UHC9 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.61■■■■□ 3.77
NPC1L1Q9UHC9 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.61■■■■□ 3.77
NPC1L1Q9UHC9 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC38.59■■■■□ 3.77
NPC1L1Q9UHC9 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.57■■■■□ 3.76
NPC1L1Q9UHC9 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.56■■■■□ 3.76
NPC1L1Q9UHC9 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC38.55■■■■□ 3.76
NPC1L1Q9UHC9 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.54■■■■□ 3.76
NPC1L1Q9UHC9 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC38.54■■■■□ 3.76
NPC1L1Q9UHC9 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC38.52■■■■□ 3.76
NPC1L1Q9UHC9 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.49■■■■□ 3.75
NPC1L1Q9UHC9 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC38.44■■■■□ 3.74
NPC1L1Q9UHC9 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.44■■■■□ 3.74
NPC1L1Q9UHC9 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC38.44■■■■□ 3.74
NPC1L1Q9UHC9 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC38.44■■■■□ 3.74
NPC1L1Q9UHC9 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC38.44■■■■□ 3.74
NPC1L1Q9UHC9 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.4■■■■□ 3.74
NPC1L1Q9UHC9 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.38■■■■□ 3.73
NPC1L1Q9UHC9 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC38.36■■■■□ 3.73
NPC1L1Q9UHC9 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.32■■■■□ 3.73
NPC1L1Q9UHC9 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC38.32■■■■□ 3.73
NPC1L1Q9UHC9 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC38.31■■■■□ 3.72
NPC1L1Q9UHC9 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.31■■■■□ 3.72
NPC1L1Q9UHC9 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC38.3■■■■□ 3.72
NPC1L1Q9UHC9 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC38.28■■■■□ 3.72
NPC1L1Q9UHC9 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC38.26■■■■□ 3.72
NPC1L1Q9UHC9 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.25■■■■□ 3.71
NPC1L1Q9UHC9 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC38.23■■■■□ 3.71
NPC1L1Q9UHC9 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC38.21■■■■□ 3.71
NPC1L1Q9UHC9 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.21■■■■□ 3.71
NPC1L1Q9UHC9 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.21■■■■□ 3.71
NPC1L1Q9UHC9 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.21■■■■□ 3.71
NPC1L1Q9UHC9 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.2■■■■□ 3.71
NPC1L1Q9UHC9 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.18■■■■□ 3.7
NPC1L1Q9UHC9 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC38.17■■■■□ 3.7
NPC1L1Q9UHC9 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC38.16■■■■□ 3.7
NPC1L1Q9UHC9 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.16■■■■□ 3.7
NPC1L1Q9UHC9 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.16■■■■□ 3.7
NPC1L1Q9UHC9 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.15■■■■□ 3.7
NPC1L1Q9UHC9 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC38.11■■■■□ 3.69
NPC1L1Q9UHC9 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.11■■■■□ 3.69
NPC1L1Q9UHC9 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.69
NPC1L1Q9UHC9 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.69
NPC1L1Q9UHC9 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.04■■■■□ 3.68
NPC1L1Q9UHC9 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC38.04■■■■□ 3.68
NPC1L1Q9UHC9 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC38.02■■■■□ 3.68
NPC1L1Q9UHC9 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
NPC1L1Q9UHC9 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
NPC1L1Q9UHC9 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.98■■■■□ 3.67
NPC1L1Q9UHC9 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.96■■■■□ 3.67
NPC1L1Q9UHC9 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.96■■■■□ 3.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms