Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRW3

APOBEC3C, DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3C, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 190 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
APOBEC3CQ9NRW3 SS18L1-201ENST00000331758 4493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.57□□□□□ -0.881e-6■■■■■ 37.1
APOBEC3CQ9NRW3 DDX6-208ENST00000620157 6152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.2□□□□□ -1.428e-16■■■■■ 36.9
APOBEC3CQ9NRW3 MT-TP-201ENST00000387461 68 ntBASIC4.06□□□□□ -1.761e-323■■■■■ 36.6
APOBEC3CQ9NRW3 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.022e-9■■■■■ 36.3
APOBEC3CQ9NRW3 CTDSP2-202ENST00000547169 1340 ntTSL 216.85■□□□□ 0.292e-9■■■■■ 36.3
APOBEC3CQ9NRW3 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.152e-9■■■■■ 36.3
APOBEC3CQ9NRW3 CTDSP2-205ENST00000549039 797 ntTSL 213.44□□□□□ -0.262e-9■■■■■ 36.3
APOBEC3CQ9NRW3 AC024563.1-201ENST00000601860 618 ntTSL 2 BASIC5.86□□□□□ -1.472e-7■■■■■ 36.1
APOBEC3CQ9NRW3 PPP1R14A-203ENST00000587515 607 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.349e-9■■■■■ 35.5
APOBEC3CQ9NRW3 AL603832.3-201ENST00000471038 792 ntTSL 212□□□□□ -0.499e-9■■■■■ 35.5
APOBEC3CQ9NRW3 RHOC-211ENST00000436685 517 ntTSL 510.98□□□□□ -0.659e-9■■■■■ 35.5
APOBEC3CQ9NRW3 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.024e-17■■■■■ 34.1
APOBEC3CQ9NRW3 AP2B1-221ENST00000621914 5702 ntTSL 1 (best) BASIC7.99□□□□□ -1.132e-8■■■■■ 33.9
APOBEC3CQ9NRW3 TAF15-201ENST00000603067 580 ntTSL 56.36□□□□□ -1.392e-8■■■■■ 33.9
APOBEC3CQ9NRW3 CTNNA3-204ENST00000494580 470 ntTSL 35.37□□□□□ -1.552e-8■■■■■ 33.9
APOBEC3CQ9NRW3 CTNNA3-203ENST00000433211 10675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.67□□□□□ -1.662e-8■■■■■ 33.9
APOBEC3CQ9NRW3 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.916e-10■■■■■ 33.7
APOBEC3CQ9NRW3 INSIG1-206ENST00000476756 1320 ntTSL 212.56□□□□□ -0.46e-10■■■■■ 33.7
APOBEC3CQ9NRW3 NME4-210ENST00000468031 1861 ntTSL 218.88■□□□□ 0.617e-14■■■■■ 33.2
APOBEC3CQ9NRW3 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.63e-6■■■■■ 33.1
APOBEC3CQ9NRW3 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.696e-8■■■■■ 32.3
APOBEC3CQ9NRW3 SHCBP1L-204ENST00000488956 2540 ntTSL 218.64■□□□□ 0.576e-8■■■■■ 32.3
APOBEC3CQ9NRW3 SHCBP1L-203ENST00000483655 2023 ntTSL 1 (best)18.52■□□□□ 0.556e-8■■■■■ 32.3
APOBEC3CQ9NRW3 VAMP8-203ENST00000432071 664 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.136e-8■■■■■ 32.3
APOBEC3CQ9NRW3 VAMP8-201ENST00000263864 774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.56e-8■■■■■ 32.3
APOBEC3CQ9NRW3 GPBP1L1-202ENST00000355105 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.91□□□□□ -0.666e-8■■■■■ 32.3
APOBEC3CQ9NRW3 VAMP8-202ENST00000409760 805 ntTSL 3 BASIC10.45□□□□□ -0.746e-8■■■■■ 32.3
APOBEC3CQ9NRW3 RNA5SP71-201ENST00000362967 126 ntBASIC9.17□□□□□ -0.946e-8■■■■■ 32.3
APOBEC3CQ9NRW3 SHCBP1L-202ENST00000467208 692 ntTSL 58.93□□□□□ -0.986e-8■■■■■ 32.3
APOBEC3CQ9NRW3 GPBP1L1-201ENST00000290795 3599 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.69□□□□□ -1.186e-8■■■■■ 32.3
APOBEC3CQ9NRW3 GPBP1L1-206ENST00000479235 3121 ntTSL 26.08□□□□□ -1.446e-8■■■■■ 32.3
APOBEC3CQ9NRW3 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.793e-25■■■■■ 31.2
APOBEC3CQ9NRW3 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.493e-25■■■■■ 31.2
APOBEC3CQ9NRW3 UAP1-202ENST00000367924 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC8.96□□□□□ -0.983e-25■■■■■ 31.2
APOBEC3CQ9NRW3 UAP1-203ENST00000367925 2069 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC7.67□□□□□ -1.183e-25■■■■■ 31.2
APOBEC3CQ9NRW3 UAP1-207ENST00000486089 1147 ntTSL 24.24□□□□□ -1.733e-25■■■■■ 31.2
APOBEC3CQ9NRW3 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.191e-6■■■■■ 31.2
APOBEC3CQ9NRW3 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.693e-11■■■■■ 31
APOBEC3CQ9NRW3 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.583e-11■■■■■ 31
APOBEC3CQ9NRW3 PABPN1-205ENST00000555295 406 ntTSL 314.2□□□□□ -0.148e-14■■■■■ 30.9
APOBEC3CQ9NRW3 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.38e-9■■■■■ 30.9
APOBEC3CQ9NRW3 H2AFZ-203ENST00000511319 1254 ntTSL 1 (best)31.85■■■□□ 2.691e-7■■■■■ 30.7
APOBEC3CQ9NRW3 H2AFZ-202ENST00000511203 1880 ntTSL 231.08■■■□□ 2.571e-7■■■■■ 30.7
APOBEC3CQ9NRW3 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.011e-7■■■■■ 30.7
APOBEC3CQ9NRW3 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.81e-7■■■■■ 30.7
APOBEC3CQ9NRW3 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.541e-7■■■■■ 30.7
APOBEC3CQ9NRW3 TMSB4X-202ENST00000380635 767 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.041e-7■■■■■ 30.7
APOBEC3CQ9NRW3 H2AFZ-204ENST00000511348 1843 ntTSL 1 (best)13.59□□□□□ -0.231e-7■■■■■ 30.7
APOBEC3CQ9NRW3 TMSB4X-204ENST00000451311 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.72□□□□□ -1.651e-7■■■■■ 30.7
APOBEC3CQ9NRW3 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.548e-8■■■■■ 30.7
APOBEC3CQ9NRW3 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.368e-8■■■■■ 30.7
APOBEC3CQ9NRW3 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.188e-8■■■■■ 30.7
APOBEC3CQ9NRW3 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.988e-8■■■■■ 30.7
APOBEC3CQ9NRW3 DAZAP1-208ENST00000589874 3642 nt13.45□□□□□ -0.268e-8■■■■■ 30.7
APOBEC3CQ9NRW3 DAZAP1-203ENST00000585485 3943 ntTSL 212.45□□□□□ -0.428e-8■■■■■ 30.7
APOBEC3CQ9NRW3 DAZAP1-207ENST00000589484 3414 ntTSL 212.33□□□□□ -0.448e-8■■■■■ 30.7
APOBEC3CQ9NRW3 HMGCS1-201ENST00000325110 3506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.452e-7■■■■■ 30.7
APOBEC3CQ9NRW3 HMGCS1-202ENST00000433297 3466 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.37□□□□□ -0.752e-7■■■■■ 30.7
APOBEC3CQ9NRW3 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.861e-7■■■■■ 30.3
APOBEC3CQ9NRW3 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.561e-7■■■■■ 30.3
APOBEC3CQ9NRW3 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.551e-7■■■■■ 30.3
APOBEC3CQ9NRW3 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.091e-7■■■■■ 30.3
APOBEC3CQ9NRW3 GABRE-209ENST00000486255 6176 ntTSL 1 (best)8.33□□□□□ -1.087e-9■■■■■ 30.2
APOBEC3CQ9NRW3 GABRE-201ENST00000370328 3152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.15□□□□□ -1.17e-9■■■■■ 30.2
APOBEC3CQ9NRW3 GABRE-208ENST00000483564 2747 ntTSL 38.15□□□□□ -1.117e-9■■■■■ 30.2
APOBEC3CQ9NRW3 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC30.87■■■□□ 2.538e-8■■■■■ 30
APOBEC3CQ9NRW3 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.698e-8■■■■■ 30
APOBEC3CQ9NRW3 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC19.38■□□□□ 0.698e-8■■■■■ 30
APOBEC3CQ9NRW3 CDK2AP1-205ENST00000542174 1812 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.068e-8■■■■■ 30
APOBEC3CQ9NRW3 CDK2AP1-204ENST00000538446 1161 ntTSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.228e-8■■■■■ 30
APOBEC3CQ9NRW3 AC068768.1-202ENST00000541002 1110 ntTSL 5 BASIC11.01□□□□□ -0.658e-8■■■■■ 30
APOBEC3CQ9NRW3 AC068768.1-204ENST00000544890 796 ntTSL 4 BASIC3.85□□□□□ -1.798e-8■■■■■ 30
APOBEC3CQ9NRW3 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.533e-6■■■■■ 29.8
APOBEC3CQ9NRW3 BAGE2-201ENST00000470054 1891 ntTSL 1 (best)15.76■□□□□ 0.113e-6■■■■■ 29.8
APOBEC3CQ9NRW3 HNRNPA1-211ENST00000551665 925 ntTSL 29.41□□□□□ -0.93e-8■■■■■ 29.8
APOBEC3CQ9NRW3 FAM178B-205ENST00000494172 592 ntTSL 319.56■□□□□ 0.726e-7■■■■■ 29.6
APOBEC3CQ9NRW3 FAM162A-203ENST00000477892 3052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.06□□□□□ -0.961e-8■■■■■ 29.3
APOBEC3CQ9NRW3 FAM162A-201ENST00000232125 801 ntTSL 2 BASIC6.74□□□□□ -1.331e-8■■■■■ 29.3
APOBEC3CQ9NRW3 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.514e-7■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.924e-7■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.844e-7■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 GUK1-231ENST00000485859 325 ntTSL 1 (best)18.9■□□□□ 0.624e-7■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 GUK1-228ENST00000485168 737 ntTSL 318.23■□□□□ 0.514e-7■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 GUK1-237ENST00000495999 555 ntTSL 317.21■□□□□ 0.354e-7■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.334e-7■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 GUK1-214ENST00000460224 639 ntTSL 517.04■□□□□ 0.324e-7■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 SUMO3-203ENST00000397898 1779 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.184e-7■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 GUK1-223ENST00000478725 414 ntTSL 315.01□□□□□ -0.014e-7■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 GUK1-226ENST00000484953 273 ntTSL 214.94□□□□□ -0.024e-7■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 GUK1-233ENST00000491613 959 ntTSL 314.79□□□□□ -0.044e-7■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 GUK1-211ENST00000412265 1012 ntTSL 514.69□□□□□ -0.064e-7■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 GUK1-221ENST00000472939 314 ntTSL 314.59□□□□□ -0.074e-7■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 JPT2-214ENST00000569765 782 ntTSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.134e-7■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 SUMO3-206ENST00000479153 1736 ntTSL 213.97□□□□□ -0.174e-7■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 MED24-209ENST00000491466 957 ntTSL 513.88□□□□□ -0.193e-13■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 GUK1-229ENST00000485733 345 ntTSL 313.57□□□□□ -0.244e-7■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 JPT2-202ENST00000382710 962 ntTSL 2 BASIC12.97□□□□□ -0.334e-7■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 RFC4-202ENST00000392481 1448 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.92□□□□□ -0.343e-13■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 RFC4-201ENST00000296273 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.533e-13■■■■■ 29.1
APOBEC3CQ9NRW3 MED24-214ENST00000535508 3334 ntTSL 211.42□□□□□ -0.583e-13■■■■■ 29.1
Retrieved 100 of 4,302 protein–RNA pairs in 29.7 ms