Protein–RNA interactions for Protein: Q9H400

LIME1, Lck-interacting transmembrane adapter 1, humanhuman

Predictions only

Length 295 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIME1Q9H400 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIME1Q9H400 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIME1Q9H400 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIME1Q9H400 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
LIME1Q9H400 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIME1Q9H400 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIME1Q9H400 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIME1Q9H400 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
LIME1Q9H400 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LIME1Q9H400 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
LIME1Q9H400 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
LIME1Q9H400 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIME1Q9H400 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIME1Q9H400 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIME1Q9H400 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIME1Q9H400 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIME1Q9H400 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIME1Q9H400 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIME1Q9H400 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIME1Q9H400 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIME1Q9H400 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIME1Q9H400 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIME1Q9H400 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIME1Q9H400 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIME1Q9H400 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIME1Q9H400 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIME1Q9H400 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIME1Q9H400 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIME1Q9H400 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIME1Q9H400 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIME1Q9H400 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIME1Q9H400 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIME1Q9H400 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIME1Q9H400 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
LIME1Q9H400 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIME1Q9H400 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
LIME1Q9H400 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIME1Q9H400 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIME1Q9H400 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIME1Q9H400 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIME1Q9H400 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIME1Q9H400 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIME1Q9H400 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC25■■□□□ 1.59
LIME1Q9H400 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIME1Q9H400 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIME1Q9H400 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIME1Q9H400 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIME1Q9H400 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIME1Q9H400 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIME1Q9H400 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
LIME1Q9H400 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIME1Q9H400 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIME1Q9H400 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIME1Q9H400 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIME1Q9H400 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIME1Q9H400 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIME1Q9H400 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
LIME1Q9H400 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
LIME1Q9H400 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIME1Q9H400 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIME1Q9H400 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIME1Q9H400 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIME1Q9H400 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIME1Q9H400 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIME1Q9H400 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
LIME1Q9H400 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIME1Q9H400 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIME1Q9H400 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIME1Q9H400 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIME1Q9H400 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIME1Q9H400 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIME1Q9H400 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIME1Q9H400 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIME1Q9H400 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIME1Q9H400 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIME1Q9H400 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIME1Q9H400 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIME1Q9H400 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIME1Q9H400 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIME1Q9H400 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIME1Q9H400 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIME1Q9H400 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIME1Q9H400 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIME1Q9H400 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIME1Q9H400 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIME1Q9H400 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIME1Q9H400 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIME1Q9H400 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIME1Q9H400 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIME1Q9H400 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIME1Q9H400 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIME1Q9H400 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIME1Q9H400 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIME1Q9H400 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIME1Q9H400 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIME1Q9H400 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIME1Q9H400 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIME1Q9H400 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIME1Q9H400 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIME1Q9H400 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.5 ms