Protein–RNA interactions for Protein: Q969G2

LHX4, LIM/homeobox protein Lhx4, humanhuman

Predictions only

Length 390 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX4Q969G2 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LHX4Q969G2 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LHX4Q969G2 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LHX4Q969G2 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LHX4Q969G2 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LHX4Q969G2 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LHX4Q969G2 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LHX4Q969G2 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX4Q969G2 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX4Q969G2 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LHX4Q969G2 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LHX4Q969G2 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX4Q969G2 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX4Q969G2 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX4Q969G2 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LHX4Q969G2 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LHX4Q969G2 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LHX4Q969G2 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LHX4Q969G2 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LHX4Q969G2 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LHX4Q969G2 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
LHX4Q969G2 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LHX4Q969G2 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LHX4Q969G2 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LHX4Q969G2 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LHX4Q969G2 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LHX4Q969G2 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LHX4Q969G2 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LHX4Q969G2 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LHX4Q969G2 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LHX4Q969G2 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LHX4Q969G2 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LHX4Q969G2 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LHX4Q969G2 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LHX4Q969G2 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LHX4Q969G2 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LHX4Q969G2 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LHX4Q969G2 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LHX4Q969G2 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LHX4Q969G2 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LHX4Q969G2 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LHX4Q969G2 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LHX4Q969G2 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LHX4Q969G2 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LHX4Q969G2 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LHX4Q969G2 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
LHX4Q969G2 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LHX4Q969G2 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
LHX4Q969G2 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LHX4Q969G2 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LHX4Q969G2 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LHX4Q969G2 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LHX4Q969G2 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LHX4Q969G2 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LHX4Q969G2 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LHX4Q969G2 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LHX4Q969G2 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LHX4Q969G2 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LHX4Q969G2 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LHX4Q969G2 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LHX4Q969G2 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LHX4Q969G2 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LHX4Q969G2 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LHX4Q969G2 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LHX4Q969G2 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LHX4Q969G2 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LHX4Q969G2 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LHX4Q969G2 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LHX4Q969G2 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LHX4Q969G2 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LHX4Q969G2 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX4Q969G2 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LHX4Q969G2 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LHX4Q969G2 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX4Q969G2 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX4Q969G2 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX4Q969G2 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX4Q969G2 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX4Q969G2 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX4Q969G2 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LHX4Q969G2 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LHX4Q969G2 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LHX4Q969G2 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LHX4Q969G2 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LHX4Q969G2 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LHX4Q969G2 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LHX4Q969G2 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LHX4Q969G2 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LHX4Q969G2 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LHX4Q969G2 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LHX4Q969G2 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LHX4Q969G2 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LHX4Q969G2 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LHX4Q969G2 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LHX4Q969G2 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LHX4Q969G2 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LHX4Q969G2 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LHX4Q969G2 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LHX4Q969G2 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LHX4Q969G2 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms