Protein–RNA interactions for Protein: Q8IWP9

CCDC28A, Coiled-coil domain-containing protein 28A, humanhuman

Predictions only

Length 274 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28AQ8IWP9 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC28AQ8IWP9 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC28AQ8IWP9 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC28AQ8IWP9 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC28AQ8IWP9 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC28AQ8IWP9 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC28AQ8IWP9 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC28AQ8IWP9 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC28AQ8IWP9 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC28AQ8IWP9 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC28AQ8IWP9 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC28AQ8IWP9 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC28AQ8IWP9 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC28AQ8IWP9 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC28AQ8IWP9 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC28AQ8IWP9 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC28AQ8IWP9 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC28AQ8IWP9 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC28AQ8IWP9 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC28AQ8IWP9 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC28AQ8IWP9 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC28AQ8IWP9 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC28AQ8IWP9 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC28AQ8IWP9 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC28AQ8IWP9 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC28AQ8IWP9 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC28AQ8IWP9 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC28AQ8IWP9 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC28AQ8IWP9 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC28AQ8IWP9 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC28AQ8IWP9 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC28AQ8IWP9 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC28AQ8IWP9 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC28AQ8IWP9 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC28AQ8IWP9 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC28AQ8IWP9 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC28AQ8IWP9 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC28AQ8IWP9 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC28AQ8IWP9 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC28AQ8IWP9 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC28AQ8IWP9 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC28AQ8IWP9 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC28AQ8IWP9 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC28AQ8IWP9 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC28AQ8IWP9 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC28AQ8IWP9 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC28AQ8IWP9 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC28AQ8IWP9 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC28AQ8IWP9 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC28AQ8IWP9 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC28AQ8IWP9 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC28AQ8IWP9 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC28AQ8IWP9 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC28AQ8IWP9 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC28AQ8IWP9 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC28AQ8IWP9 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC28AQ8IWP9 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC28AQ8IWP9 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC28AQ8IWP9 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC28AQ8IWP9 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC28AQ8IWP9 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC28AQ8IWP9 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC28AQ8IWP9 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC28AQ8IWP9 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC28AQ8IWP9 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC28AQ8IWP9 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC28AQ8IWP9 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CCDC28AQ8IWP9 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC28AQ8IWP9 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC28AQ8IWP9 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC28AQ8IWP9 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC28AQ8IWP9 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC28AQ8IWP9 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC28AQ8IWP9 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC28AQ8IWP9 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC28AQ8IWP9 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC28AQ8IWP9 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC28AQ8IWP9 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC28AQ8IWP9 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC28AQ8IWP9 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
CCDC28AQ8IWP9 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC28AQ8IWP9 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC28AQ8IWP9 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC28AQ8IWP9 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC28AQ8IWP9 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC28AQ8IWP9 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC28AQ8IWP9 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC28AQ8IWP9 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC28AQ8IWP9 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC28AQ8IWP9 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC28AQ8IWP9 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC28AQ8IWP9 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC28AQ8IWP9 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC28AQ8IWP9 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC28AQ8IWP9 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC28AQ8IWP9 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC28AQ8IWP9 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC28AQ8IWP9 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC28AQ8IWP9 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC28AQ8IWP9 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms