Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
COL4A3Q01955 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
COL4A3Q01955 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
COL4A3Q01955 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
COL4A3Q01955 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
COL4A3Q01955 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
COL4A3Q01955 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC30.25■■■□□ 2.43
COL4A3Q01955 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC30.23■■■□□ 2.43
COL4A3Q01955 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
COL4A3Q01955 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
COL4A3Q01955 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.43
COL4A3Q01955 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC30.19■■■□□ 2.42
COL4A3Q01955 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
COL4A3Q01955 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.18■■■□□ 2.42
COL4A3Q01955 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
COL4A3Q01955 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
COL4A3Q01955 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC30.13■■■□□ 2.41
COL4A3Q01955 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC30.12■■■□□ 2.41
COL4A3Q01955 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
COL4A3Q01955 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
COL4A3Q01955 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC30.04■■■□□ 2.4
COL4A3Q01955 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
COL4A3Q01955 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
COL4A3Q01955 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC29.99■■■□□ 2.39
COL4A3Q01955 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
COL4A3Q01955 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
COL4A3Q01955 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
COL4A3Q01955 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC29.93■■■□□ 2.38
COL4A3Q01955 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
COL4A3Q01955 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
COL4A3Q01955 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC29.85■■■□□ 2.37
COL4A3Q01955 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.84■■■□□ 2.37
COL4A3Q01955 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
COL4A3Q01955 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC29.8■■■□□ 2.36
COL4A3Q01955 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
COL4A3Q01955 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
COL4A3Q01955 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC29.77■■■□□ 2.36
COL4A3Q01955 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.36
COL4A3Q01955 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
COL4A3Q01955 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC29.75■■■□□ 2.35
COL4A3Q01955 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
COL4A3Q01955 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
COL4A3Q01955 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC29.71■■■□□ 2.35
COL4A3Q01955 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
COL4A3Q01955 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
COL4A3Q01955 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
COL4A3Q01955 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
COL4A3Q01955 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
COL4A3Q01955 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC29.67■■■□□ 2.34
COL4A3Q01955 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.66■■■□□ 2.34
COL4A3Q01955 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
COL4A3Q01955 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
COL4A3Q01955 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
COL4A3Q01955 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL4A3Q01955 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL4A3Q01955 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC29.55■■■□□ 2.32
COL4A3Q01955 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL4A3Q01955 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL4A3Q01955 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL4A3Q01955 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL4A3Q01955 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL4A3Q01955 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL4A3Q01955 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL4A3Q01955 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL4A3Q01955 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL4A3Q01955 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL4A3Q01955 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL4A3Q01955 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL4A3Q01955 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL4A3Q01955 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL4A3Q01955 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL4A3Q01955 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
COL4A3Q01955 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
COL4A3Q01955 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
COL4A3Q01955 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
COL4A3Q01955 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL4A3Q01955 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
COL4A3Q01955 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
COL4A3Q01955 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
COL4A3Q01955 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC29.25■■■□□ 2.27
COL4A3Q01955 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
COL4A3Q01955 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
COL4A3Q01955 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC29.16■■■□□ 2.26
COL4A3Q01955 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL4A3Q01955 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
COL4A3Q01955 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
COL4A3Q01955 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
COL4A3Q01955 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
COL4A3Q01955 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
COL4A3Q01955 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
COL4A3Q01955 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
COL4A3Q01955 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
COL4A3Q01955 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
COL4A3Q01955 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
COL4A3Q01955 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL4A3Q01955 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL4A3Q01955 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
COL4A3Q01955 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL4A3Q01955 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL4A3Q01955 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.5 ms