Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
LIG3P49916 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
LIG3P49916 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
LIG3P49916 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
LIG3P49916 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC29.85■■■□□ 2.37
LIG3P49916 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
LIG3P49916 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
LIG3P49916 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
LIG3P49916 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
LIG3P49916 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
LIG3P49916 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC29.7■■■□□ 2.35
LIG3P49916 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
LIG3P49916 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
LIG3P49916 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
LIG3P49916 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC29.65■■■□□ 2.34
LIG3P49916 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
LIG3P49916 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
LIG3P49916 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
LIG3P49916 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
LIG3P49916 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
LIG3P49916 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
LIG3P49916 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
LIG3P49916 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
LIG3P49916 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
LIG3P49916 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
LIG3P49916 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
LIG3P49916 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
LIG3P49916 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
LIG3P49916 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
LIG3P49916 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
LIG3P49916 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
LIG3P49916 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
LIG3P49916 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
LIG3P49916 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
LIG3P49916 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
LIG3P49916 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.28
LIG3P49916 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
LIG3P49916 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
LIG3P49916 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
LIG3P49916 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
LIG3P49916 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
LIG3P49916 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
LIG3P49916 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
LIG3P49916 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
LIG3P49916 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC29.19■■■□□ 2.26
LIG3P49916 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
LIG3P49916 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
LIG3P49916 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
LIG3P49916 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
LIG3P49916 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC29.15■■■□□ 2.26
LIG3P49916 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
LIG3P49916 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
LIG3P49916 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
LIG3P49916 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
LIG3P49916 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
LIG3P49916 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
LIG3P49916 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
LIG3P49916 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
LIG3P49916 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
LIG3P49916 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
LIG3P49916 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
LIG3P49916 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
LIG3P49916 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
LIG3P49916 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
LIG3P49916 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
LIG3P49916 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
LIG3P49916 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
LIG3P49916 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
LIG3P49916 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
LIG3P49916 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
LIG3P49916 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
LIG3P49916 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
LIG3P49916 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
LIG3P49916 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
LIG3P49916 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
LIG3P49916 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
LIG3P49916 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
LIG3P49916 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
LIG3P49916 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC28.91■■■□□ 2.22
LIG3P49916 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
LIG3P49916 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
LIG3P49916 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
LIG3P49916 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
LIG3P49916 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
LIG3P49916 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
LIG3P49916 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC28.84■■■□□ 2.21
LIG3P49916 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
LIG3P49916 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
LIG3P49916 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
LIG3P49916 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
LIG3P49916 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
LIG3P49916 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
LIG3P49916 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
LIG3P49916 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
LIG3P49916 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
LIG3P49916 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
LIG3P49916 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
LIG3P49916 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
LIG3P49916 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
LIG3P49916 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38 ms