Protein–RNA interactions for Protein: O15259

NPHP1, Nephrocystin-1, humanhuman

Predictions only

Length 732 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP1O15259 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC37.01■■■■□ 3.52
NPHP1O15259 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC37.01■■■■□ 3.52
NPHP1O15259 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
NPHP1O15259 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.98■■■■□ 3.51
NPHP1O15259 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
NPHP1O15259 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC36.96■■■■□ 3.51
NPHP1O15259 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC36.96■■■■□ 3.51
NPHP1O15259 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC36.93■■■■□ 3.5
NPHP1O15259 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
NPHP1O15259 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
NPHP1O15259 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.92■■■■□ 3.5
NPHP1O15259 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC36.89■■■■□ 3.5
NPHP1O15259 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.84■■■■□ 3.49
NPHP1O15259 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.83■■■■□ 3.49
NPHP1O15259 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.82■■■■□ 3.48
NPHP1O15259 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC36.8■■■■□ 3.48
NPHP1O15259 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC36.79■■■■□ 3.48
NPHP1O15259 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC36.75■■■■□ 3.47
NPHP1O15259 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.73■■■■□ 3.47
NPHP1O15259 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC36.71■■■■□ 3.47
NPHP1O15259 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC36.67■■■■□ 3.46
NPHP1O15259 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC36.67■■■■□ 3.46
NPHP1O15259 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
NPHP1O15259 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC36.63■■■■□ 3.45
NPHP1O15259 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC36.61■■■■□ 3.45
NPHP1O15259 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC36.57■■■■□ 3.44
NPHP1O15259 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
NPHP1O15259 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
NPHP1O15259 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC36.54■■■■□ 3.44
NPHP1O15259 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC36.52■■■■□ 3.44
NPHP1O15259 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC36.5■■■■□ 3.43
NPHP1O15259 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.47■■■■□ 3.43
NPHP1O15259 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
NPHP1O15259 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC36.46■■■■□ 3.43
NPHP1O15259 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC36.45■■■■□ 3.43
NPHP1O15259 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
NPHP1O15259 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC36.42■■■■□ 3.42
NPHP1O15259 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC36.39■■■■□ 3.42
NPHP1O15259 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
NPHP1O15259 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC36.37■■■■□ 3.41
NPHP1O15259 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
NPHP1O15259 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.41
NPHP1O15259 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
NPHP1O15259 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC36.31■■■■□ 3.4
NPHP1O15259 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC36.27■■■■□ 3.4
NPHP1O15259 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.24■■■■□ 3.39
NPHP1O15259 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC36.23■■■■□ 3.39
NPHP1O15259 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
NPHP1O15259 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC36.16■■■■□ 3.38
NPHP1O15259 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
NPHP1O15259 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
NPHP1O15259 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
NPHP1O15259 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
NPHP1O15259 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
NPHP1O15259 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC36.07■■■■□ 3.36
NPHP1O15259 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
NPHP1O15259 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC36.05■■■■□ 3.36
NPHP1O15259 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC36.05■■■■□ 3.36
NPHP1O15259 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC36.04■■■■□ 3.36
NPHP1O15259 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
NPHP1O15259 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC36.02■■■■□ 3.36
NPHP1O15259 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC36.02■■■■□ 3.36
NPHP1O15259 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC36.01■■■■□ 3.36
NPHP1O15259 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.01■■■■□ 3.36
NPHP1O15259 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC36.01■■■■□ 3.36
NPHP1O15259 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.35
NPHP1O15259 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
NPHP1O15259 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.97■■■■□ 3.35
NPHP1O15259 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
NPHP1O15259 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC35.91■■■■□ 3.34
NPHP1O15259 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC35.9■■■■□ 3.34
NPHP1O15259 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
NPHP1O15259 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
NPHP1O15259 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC35.89■■■■□ 3.34
NPHP1O15259 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.87■■■■□ 3.33
NPHP1O15259 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
NPHP1O15259 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.32
NPHP1O15259 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC35.81■■■■□ 3.32
NPHP1O15259 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC35.78■■■■□ 3.32
NPHP1O15259 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.32
NPHP1O15259 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
NPHP1O15259 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
NPHP1O15259 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC35.67■■■■□ 3.3
NPHP1O15259 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
NPHP1O15259 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.64■■■■□ 3.3
NPHP1O15259 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC35.62■■■■□ 3.29
NPHP1O15259 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
NPHP1O15259 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
NPHP1O15259 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
NPHP1O15259 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
NPHP1O15259 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
NPHP1O15259 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC35.52■■■■□ 3.28
NPHP1O15259 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
NPHP1O15259 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
NPHP1O15259 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC35.5■■■■□ 3.27
NPHP1O15259 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
NPHP1O15259 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC35.49■■■■□ 3.27
NPHP1O15259 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC35.49■■■■□ 3.27
NPHP1O15259 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
NPHP1O15259 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45 ms