Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 CYP2AB1P-202ENST00000454440 1456 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 LINC00593-202ENST00000560853 1483 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 PRDX5-203ENST00000352435 596 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 ACKR1-201ENST00000368121 1240 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 FCGR1B-203ENST00000369384 1044 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AGER-203ENST00000375065 665 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 TPO-206ENST00000382269 1155 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 DMKN-204ENST00000408915 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 KLK4-202ENST00000431178 481 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AC006033.1-201ENST00000440505 426 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AC126768.2-201ENST00000511693 718 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 ARL2-204ENST00000529384 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AL583722.2-201ENST00000557223 663 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 IFT20-206ENST00000578122 834 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 IFT20-208ENST00000578985 831 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 RN7SL190P-201ENST00000582519 257 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AL121944.1-201ENST00000605945 686 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 LINC01002-214ENST00000632102 561 ntTSL 4 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AC008687.7-202ENST00000637404 953 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 MLKL-201ENST00000306247 1781 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 AP003392.4-202ENST00000526453 1359 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 IL11RA-202ENST00000441545 1700 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 GALNT11-205ENST00000430044 2727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 CPA1-201ENST00000011292 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 KLK6-203ENST00000391808 1478 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 ME2P1-201ENST00000426028 1970 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 C1orf123-201ENST00000294360 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 KRTAP1-4-201ENST00000377747 408 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 AL583835.2-202ENST00000421363 1104 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 KCNQ1DN-201ENST00000441418 1093 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 RPARP-AS1-201ENST00000473970 1297 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 AC104596.1-201ENST00000507826 579 ntTSL 4 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 AC080188.2-201ENST00000508985 552 ntTSL 4 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 RNA5SP423-201ENST00000517127 109 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 AC012322.1-201ENST00000561657 861 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 DBNDD1-206ENST00000568838 993 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 AC010641.1-201ENST00000591757 529 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 GRIA3-205ENST00000611689 936 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 LINC00623-205ENST00000621058 767 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 UCP3-202ENST00000426995 1406 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 ZFYVE28-210ENST00000515169 1590 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 SHOX2-202ENST00000425436 1513 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 LMNA-203ENST00000368297 1679 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 FDPS-202ENST00000368356 1431 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 VAMP1-203ENST00000400911 1068 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 CNN2P8-201ENST00000421872 913 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 ERH-203ENST00000557016 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 AC012568.1-201ENST00000558463 472 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 TSR1-204ENST00000576112 1290 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 KCNJ2-202ENST00000535240 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 RGS6-218ENST00000556437 1689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 SLC25A48-203ENST00000425402 2062 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 GPS1-202ENST00000320548 1949 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 F3-202ENST00000370207 1879 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38 ms